Были проведены совместные летные испытания на больших углах атаки, а также по определению характеристик проходимости, испытания в условиях естественного обледенения, по отработке норм летной годности и другие. Бе-30 летали при температурах до +40° в Ашхабаде и Марах, до -40° в Колпашево и Новосибирске. В Вентспилсе взлетали с галечной ВПП, чтобы определить, на каких режимах при реверсе винтов галька побьет их лопасти. Все эти полеты выполняли летчики Н.И. Андриевский, Е.А. Лахмостов и А.А. Лебедев.
По результатам испытаний ОКБ доработало Бе-30 № 01 «ОС» и № 05 «ОС». При этом самолеты оснастили новыми двигателями ТВД-10 с увеличенной мощностью на взлетном режиме с 950 до 1050 л.с., а количество пассажирских мест увеличили с 14 до 19. Кроме того, установили откидывающиеся пассажирские сиденья и складывающийся багажник (испытания концепции «багаж при себе»); бортовой грузовой люк размером 1300x1400 мм (на самолете № 05 «ОС»); всережимный автофлюгер; дополнительные топливные баки. Максимальная платная нагрузка возросла с 1500 до 2000 кг. В результате существенно улучшились технико-экономические характеристики. Доработанным Бе-30 с ТВД-10, включая третий прототип, присвоили индекс Бе-32.
Эксплуатационные испытания Бе-30 в Быковском авиаотряде показали надежность и безопасность их эксплуатации. Самолеты выполняли технические рейсы во многие города СССР, летали как днем, так и ночью. В сутки налет составлял от 6 до 14 ч. В целом было выполнено более 4000 полетов с налетом около 3000 ч. На одном из самолетов совершили 1500 посадок. Первый опыт эксплуатации Бе-30/32 в различных аэропортах Прибалтики, Средней Азии, Украины, средней полосы РСФСР, Сибири и других районах показал высокую надежность и простоту обслуживания. Отказов материальной части практически не было.
Высокие летно-технические характеристики сулили Бе-30 безоблачную карьеру. Но тут в его судьбу вмешалась большая политика. Для поддержания чехословацкой авиапромышленности в рамках Совета экономической взаимопомощи (СЭВ) было принято решение о массовых поставках в СССР самолетов L-410 «Турболет». В связи с этим Совет Министров СССР в 1972 г. решил прекратить дальнейшие работы по Бе-30. Однако работы по Бе-32 еще продолжались. С октября 1972 г. по июль 1974 г. прошли его успешные испытания по отработке «Норм летной годности гражданских самолетов СССР» (НЛГС СССР).
13 февраля 1976 г. на самолете Бе-32 летчик-испытатель Е.А. Лахмостов установил новые рекорды скороподъемности на высоту 3000 м (2 мин 24,6 с) и 6000 м (5 мин 17,8 с), побив тем самым американские достижения на самолете Р-3 «Орион». Рекорды были установлены в день рождения Г.М. Бериева, но посвящены в духе того времени очередному съезду КПСС. Тем не менее, на просьбу дать указание на отправку соответствующих материалов в FAI министр авиационной промышленности П.В. Дементьев ответил кратко: «Япротив». В результате рекорды Бе-32 засчитали только как всесоюзные, а тем временем американцы успели свои достижения улучшить.
На одном из опытных Бе-30 («2П») впервые в Советском Союзе была установлена трансмиссия, соединявшая двигательные установки. Ее предусматривали еще в эскизном проекте, однако отработка затянулась, и только после 500 ч работы на стенде механизм в декабре 1972 г. установили на самолет и проверили в воздухе. Всего выполнили около 50 полетов. Результаты испытаний показали, что установка трансмиссии позволяет уменьшить потребную длину ВПП до 450 м, значительно упрощает пилотирование самолетом при отказах двигателя на взлете и в полете. Однако ее применение принесло ряд технических проблем, в частности, связанных с подбором подшипников с необходимыми параметрами.
Были прекращены работы по дальнейшему развитию Бе-30 – пассажирскому самолету Бе-ЗОА, на котором количество перевозимых пассажиров увеличивалось до 24 человек. В салоне пассажирские кресла располагались по три в ряд. Это повлекло расширение фюзеляжа на 440 мм и его удлинение на 855 мм. Взлетная масса Бе-ЗОА возросла на 1000 кг, что потребовало усиления центроплана крыла, стоек шасси и использования пневматиков колес увеличенного размера. На Бе-ЗОА планировалось установить два турбовинтовых двигателя ТВД-10А мощностью 1100 л.с. каждый. В остальном системы самолета максимально унифицировались с Бе-30.