В прицельной системе изменения стали кардинальными. Вместо двух прицелов АСП-17 и ПБК-3-17С поставили один АСП-17Б. Дальномер «Фон» и подвесную станцию «Прожектор» заменили единой лазерной станцией подсвета и дальнометрирования «Клен-ПС». При работе с управляемыми ракетами ее лазерный луч мог отклоняться в вертикальной плоскости от +6° до -30°, в горизонтальной – в диапазоне ±12°. Обнаружив цель, летчик накладывал на нее прицельную марку (лазерный луч), ожидал прохождения команды «Захват» и пускал ракету. При этом пилот мог управлять лучом при помощи кнюппеля и ограниченно маневрировать самолетом. Для этого «Клен» имел аппаратуру «Метка» и независимую систему стабилизации луча, которая измеряла угловые колебания самолета и вырабатывала поправки для удержания луча на цели. В режиме дальномера станция измеряла дальность в диапазоне 400-5000 м с ошибкой 5-10 м. Приемопередающий блок станции установили в бочке конуса, вместо блоков «Фона».
На борт поставили новую станцию предупреждения об облучении СПО-15 «Береза», новый радиовысотомер А-031 «Репер-М». Его диапазон измерений увеличился в 2 раза, у РВ-5 было 0-750 м, а стало 0-1500 м, но точность измерений высоты при этом ухудшилась почти в полтора раза.
Важным моментом для инженерно- технического состава стала долгожданная замена устаревшей и ненадежной системы регистрации полетных данных САРПП-12Г на цифровую «Тестер». Для ускорения процесса подготовки самолета к полету сделали систему централизованной заправки всех баков через горловину бака № 2. Для предотвращения пожара и утечки топлива в случае попадания снарядов и осколков на поздних серийных самолетах в крыльевые баки вложили губчатый заполнитель – пенополиуретан, который сначала закупали в Бельгии. Когда он понадобился в большом количестве для других типов самолетов, приобрели заводскую линию по его производству.
Удлинение носовой части фюзеляжа ухудшило путевую устойчивость самолета. Проявлялось это в виде боковых колебаний, усиливавшихся по мере роста угла атаки. Для увеличения запаса путевой устойчивости в 1978 г. на самолеты стали устанавливать подфюзеляжный гребень и на 145 мм увеличили высоту киля.
Новое вооружение и более совершенное оборудование, увеличение запаса топлива привели к росту массы Су-17МЗ по сравнению с Су-17М2 на 550 кг, что незначительно ухудшило энерговооруженность самолета. Рост веса самолета привел к увеличению его индуктивного сопротивления (при полете с одинаковыми значениями перегрузок и скоростей по прибору) и к уменьшению перегрузки при полете на скоростях менее 850 км/ч с предельными углами атаки. По сравнению с первым Су-17 скорость отрыва на взлете возросла на 40 км/ч.
Увеличение взлетной и посадочной масс отрицательно сказалось на прочности отдельных элементов шасси. При этом в результате смещения центровки вперед нагрузки на переднюю стойку выросли. На взлете и рулении они стали больше на 60%, а на посадке – на 14%. При расчетном ресурсе стойки 3000 посадок (до первого ремонта 1200 посадок) ее реальная долговечность уменьшилась в 5-8 раз, что привело к целому ряду аварий. Известны 3 серьезных случая поломки вилок шасси. Так, 1988 г. во время посадки Су-17МЗ произошло разрушение вилки передней стойки при касании ВПП на скорости 275 км/ч. Летчик не пострадал, но самолет надолго вышел из строя.
Первый С-52 взлетел 30 июня 1976 г. в Комсомольске-на-Амуре. Заводской летчик-испытатель С.В. Пырков поднимал самолет на свой страх и риск, без соответствующего разрешения. Но все прошло гладко. Затем машину разобрали и транспортным Ан-22 перевезли в Москву, где 17 августа летчик-испытатель В.А. Кречетов совершил уже официальный первый полет.
Для ускорения Госиспытаний построили пять экземпляров Су-17МЗ. Особых претензий к летным качествам новой модификации не было, практически все замечания касались работы прицельного комплекса, в частности АСП-17Б. 12 января 1978 г. с третьим опытным образцом произошла авария. Летчик-испытатель НИИ ВВС В.И. Мостовой при выводе из петли превысил допустимый угол атаки и катапультировался.
Любопытное совпадение. Ровно через десять лет по той же причине будет потерян еще один Су-17МЗ. 13 января 1988 г. военный летчик 1-го класса м-р Ю.Л. Ивановский осуществлял полет в зону на сложный пилотаж. При выполнении петли Нестерова после прохода верхней точки на высоте 5000 м, при скорости 470 км/ч на нисходящей ее части самолет вышел на закритические углы атаки и перешел в левое вращение. Будучи опытным пилотом Ивановский не растерялся и отдал ручку управления от себя, вращение сначала прекратилось, но затем неожиданно перешло в правое.
Управление восстановить так и не удалось, летчику пришлось катапультироваться на высоте 2100 м.
Происшествие с опытной машиной не повлияло на общий ход работ, и после 466 испытательных полетов Госиспытания успешно завершились. Началось серийное производство. До 1981 г. построили более 450 самолетов.