В первые месяцы 1940 г. выдали заказ 1022/0, требовавший переделки 500 MS.406 в MS.410. Другой заказ дали заводу SNCAC в Бийянкуре; он включал 150 комплектов крыльев MS410. В середине мая 1940 г. окончательно решили, что за исключением нескольких экземпляров, находящихся в переделке в Виллакублэ и Бурже, вся работа по MS.410 должна проводиться в ремонтных мастерских ВВС в Клермон-Ферране. Их должны были вести над поврежденными MS.406, а не забирать
исправные самолеты из частей, как первоначально планировалось. Считалось, что очень неэффективный прицел образца 1931 г. будет заменяться прицелом Бале-Лемаре GH-38, винт-автомат Ратье 1607 диаметром 3,1 м станет стандартным и будет применяться эжекторная выхлопная система "GAL-Бронза- виа". Во время испытаний в CEV в Орлеане в апреле 1940 г. выхлопные патрубки эжекторного типа установили на MS.406 № 1035 для сравнения со старыми. Это привело к увеличению максимальной скорости на 20 км/ч на высоте 2000 м, на 44 км/ч – на 4000 м и на 52 км/ч – на 7000 м. По несчастью, ни один MS.410 не сошел с переделочной линии в Клермон-Ферране до того времени, когда 25 июня вошло в силу перемирие.
Когда 20 июля 1940 г. провели учет всех самолетов в не оккупированной зоне, выявилось, что в это число входят 453 MS.406, хотя значительная доля их была непригодна к полетам, а многие даже не подлежали ремонту. Группы 1/2,11/2, III/5, 1/6, II/6 и 1/9 были расформированы в июле-августе 1940 г. за исключением GCI/7, базировавшейся в Раяке в Ливане. Эта группа
имела несчастье противостоять силам союзников в мае-июле 1941 г. Она выполнила 591 боевой вылет и одержала две подтвержденные и две "вероятные" победы. Аналогичная судьба выпала в мае 1942 г. 565-й истребительной эскадрилье, базировавшейся в Диего- Суаресе на Мадагаскаре. На 1 ноября 1941 г. она насчитывала 17 самолетов, а к 1 октября 1942 г. ее состав сократился до трех машин.
Когда 10 июня 1940 г. Италия вступила в войну, французское верховное командование, думая о возможности появления нового фронта в Триполитании, решило перебросить GCI/7 из Сирии в Исмаилию на Суэцком канале. 23 июня три MS.406 вылетели в Египет в качестве авангардной группы; один из них разбился при посадке и был списан. Когда двумя днями спустя вступило в силу перемирие между Францией, Германией и Италией, остальная часть группы осталась в Сирии. Французские летчики, перелетевшие в Исмаилию, решили присоединиться к силам "Свободной Франции". Два уцелевших MS.406, получившие британские номера, вместе с двумя Потэ 63.11, двумя Мартин 167F и одним Блок 81 образовали звено "Свободной Франции" №2. MS.406 летали на боевые задания с "Гладиаторами" и "Харрикейнами" 274- й эскадрильи, до того как в сентябре их перебросили в Хайфу. 13 ноября 1940 г. один из них отклонился от полосы при посадке во время испытательного полета в Хайфе; шасси подломилось на неровном грунте и левое крыло было повреждено. Другой MS.406 удрал из Ливана 5 декабря и перелетел в Хайфу, получив там британский номер. Использование французских истребителей ограничивалось недостатком запчастей.С расформированием 2-го звена 9 апреля 1941 г. самолеты перешли к 107-й вспомогательной части. В июле, с завершением сирийской кампании, в руки англичан попала дюжина уцелевших боеспособных MS.406, ранее принадлежавших GCI/7. Впоследствии они стали первоначальным вооружением группы "Эльзас", сформированной 15 сентября 1941 г. в Раяке.