Хотя ни одна боевая часть авиации Виши в не оккупированной зоне не летала на MS.406, некоторые из них продолжали использоваться в летных школах и учебных эскадрильях в Тулузе и Блиде (Алжир) для поддержания навыков пилотирования в 1942 г. В этом же году правительство Виши согласилось продать 30 MS.406, хранившихся в консервации, финскому правительству. Финские ВВС ранее получили 30 MS.406 со складов французских ВВС зимой 1939-40 годов. Они поступили в истребительную эскадрилью HLeLv28, сформированную 8 декабря 1939 г. Она вступила в боевые действия в феврале 1940 г. из Сакулы. 29 из них пережили "зимнюю войну" и в 1941 г. были дополнены 27 самолетами, купленными в Германии и включавшими и MS.406, и MS.410, захваченные вермахтом во Франции. Перед поставкой в Финляндию на них поставили немецкие радиостанции FuG 7а вместо Радио-Индустри 537, немецкие приборы, хвостовое колесо и броню для радиатора и пилота общим весом 80 кг. HLeLv28 специализировалась на охоте за поездами на Мурманской железной дороге. На некоторых экземплярах MS.406 в этой части 20-мм пушки HS9 или HS404 заменялись трофейными 12,7-мм пулеметами Березина (УБ). Хотя MS.406 был в общем-то популярен у финских летчиков, он оказался весьма неприятным в условиях суровой зимы и HLeLv28 страдала от низкой боеспособности самолетов.
Когда вермахт оккупировал в ноябре 1942 г. вишистскую Францию, среди захваченных самолетов оказались MS.406 летных школ и учебных эскадрилий, а также небольшое количество истребителей этого типа, хранившихся в резерве. Большая часть из 46 выявленных MS.406 после переборки была передана ВВС Хорватии и составила вооружение двух эскадрилий.
Тем временем выпуск MS.406 по лицензии продолжался в Швейцарии, где в 1942 г. он стал самым массовым истребителем ВВС. После оценки в конце 1937 г. MS.405 швейцарским летчиком, швейцарское правительство запросило лицензию на его производство и заказало два самолета-образца у фирмы- разработчика. Эти самолеты-образцы в основном были подобны серийным MS.406 для французских ВВС и отличались только требуемыми приборами, радиостанцией и вооружением. Обозначенные MS.406H, они сохранили мотор Испано-Сюиза 12Y31 и были оборудованы под установку одного 7,49-мм швейцарского пулемета в каждом крыле. Первый MS.406 был оснащен винтом Шавьер 351 и вылетел из Виллакублэ в Швейцарию 11 сентября 1938 г., второй, с винтом Испано-Сюиза 270, последовал за ним 15 апреля 1939 г. Тем временем шла подготовка к сборке самолетов у "Эйдгеноссишен флюгцойгверк" (EFW) в Эммене. Эту сборочную линию должны были снабжать несколько субподрядчиков. Моторы 12Y31 по лицензии должны были строить компании "Заурер" и SLM, а винты изготовлять фирма "Эшер-Висс". Обозначенный в Швейцарии D-3800, MS.406H начал покидать сборочную линию EFW в ноябре 1939 г. В апреле 1940 г. три разведывательные части – 13-я, 14-я и 20- я были превращены в истребительные и вооружены D-3800, а 19-я заменила свои устаревшие Девуатин D.27 на истребители постройки EFW. Последовательно изготовили 80 D-3800, последний из которых был поставлен 29 августа 1940 г. Позднее, в 1942 г., еще два D- 3800 были собраны из запчастей.
Наиболее серьезным недостатком MS.406 было отсутствие достаточно мощного двигателя. Швейцарцы в значительной мере разрешили эту проблему приспособлением истребителя к мотору Заурер -SLMY31, дававшему 1020 л.с. на взлете и 975 л.с. на 3250 м. А. Заурер получил лицензию на производство двигателя Испано-Сюиза 12Y51, но мотор долго не могли довести и Y51 представлял собой усовершенствованный вариант 12Y51. Неподвижный радиатор заменил старый втяжной, ввели лобовое бронестекло, а также провели незначительное местное усиление конструкции. Новая модель появилась в производстве осенью 1940 г. под названием D-3801. EFW подключила к производству "Дорнье-Верк" и "Пилатус". Первый заказ на производство D-3801 включал 100 машин. Первая из них была поставлена 28 декабря 1940 г., а последняя – 19 июня 1942 г. Первыми частями, вооруженными D- 3801, стали 12-я и 18-я, за ними вскоре последовала 3-я. В 1943 г. 10 D- 3801 были собраны из запчастей, а в сентябре 1944 г. выпуск возобновили и построили еще 97 штук.