Эту машину передали 207-й эскадрилье в Уэддингтоне (командир - уинг коммандер Хайд), которая была реорганизована для освоения нового секретного бомбардировщика. К концу года 207-я эскадрилья получила около двадцати «Манчестеров». 9 января 1941 года Королевские ВВС официально объявили о принятии нового бомбардировщика на вооружение, а 24 февраля шесть «Манчестеров» вошли в состав сил атаковавших французский порт Брест, где по данным разведки находился немецкий крейсер класса «Хиппер». Все самолеты благополучно вернулись назад, но L7284 потерпел аварию при посадке в Уэддингтоне, причиной которой стал отказ гидросистемы. Неприятности с гидросистемой продолжали преследовать самолет, но, в конце концов, удалось выяснить их причину - утечка масла приводила к загрязнению контактов микропереключателя системы уборки шасси - и устранить ее.
К сожалению, проблемы с моторами «Валчер» не удавалось решить также легко - в 207-й эскадрилье редко бывало более пяти боеготовых самолетов одновременно. Ночью 13 марта 1941 года первый «Манчестер» был потерян от огня противника - вскоре после взлета с Уэддингтона L7319 был сбит фельдфебелем Хансом Ханом из I/NJG 2.
К тому времени большинство технических проблем с «Манчестерами» было решено и на заводах фирмы Метрополитен Виккерс была организована вторая сборочная линия, а также началось формирование новых эскадрилий. Нерешенной оставалась основная проблема - недостаточная мощность и надежность силовой установки «Манчестера». Потолок бомбардировщика составлял всего 3048 метров, и в случае отказа или повреждения одного из моторов машина начинала стремительно терять высоту. В одной из эскадрилий даже шутили, что все экипажи встретятся в лагере для военнопленных.
В апреле 1941 года полеты всех «Манчестеров» были запрещены, поскольку обнаружились дефекты в подшипниках «Валчеров». С 16 июня бомбардировщики были вновь прикованы к земле, так как внесения доработок потребовала система охлаждения. Ситуация вновь повторилась 30 июня, когда пришлось полностью перебрать двигатели и внести в их конструкцию еще ряд изменений.
7 августа полеты возобновились, но обнаружилось еще два серьезных дефекта. С флаттером хвостового оперения удалось справиться довольно быстро, в результате чего на свет появилась модификация «Манчестер» IA с увеличенными шайбами оперения, а вот проблему с флюгированием винтов сразу решить не удалось. Казалось, что проблемы с силовой установкой растут как снежный ком, а вместе с ними росли и потери самолетов.
С самого начала испытаний прототипа «Манчестера», когда стало ясно, что 24-х цилиндровые «Валчеры» не развивают проектной мощности, конструкторы Авро приступили к разработке альтернативных проектов. Под обозначением «Манчестер» Mk II рассматривался двухдвигательный вариант самолета, на котором «Валчеры» предполагалось заменить моторами Непир «Сейбр» или Бристоль «Центавр». Четырехмоторный вариант получил обозначение «Манчестер» Mk III. Работы по нему шли опережающими темпами и, после того, как стал очевиден их успех, от разработки двухдвигательного варианта отказались.
Планер серийного «Манчестера», ВТ308, был оснащен новой центральной секцией крыла, в которой разместили четыре надежных мотора Роллс-Ройс «Мерлин» X. Первый полет прототипа, состоявшийся 9 января 1941 года, убедил Роя Добсона и его конструкторов, что они выбрали правильный путь.