Третий из братьев — эрцгерцог Евгений (1863—1954)
— окотил военную академию в Винер-Нойштадте и начал службу в качестве лейтенанта в полку тирольских егерей. Служил в разных областях монархии и быстро — как, впрочем, многие члены императорской фамилии — взбирался по ступенькам армейской иерархической лестницы. В 1894 г. он стал также гроссмейстером древнего Ордена германских рыцарей — древней военно-церковной организации, высшие должности в которой со средних веков традиционно занимали представители рода Габсбургов. Евгений был популярен в обществе, но не при дворе, поскольку привык открыто выражать свои взгляды, далеко не всегда совпадавшие с официальными. Столкновение с Конрадом фон Гетцендорфом в 1912 г., однако, не помешало ему во время войны принять командование крупными соединениями австро-венгерских войск: 5-й армией на Балканах (1914—1915), всем итальянским фронтом (1915—1916), войсковой группой в Тироле (1916— 1917) и снова итальянским фронтом (1917—1918). Победы над итальянцами на заключительном этапе войны укрепили популярность эрцгерцога Евгения, хотя они были заслугой в первую очередь немецких подразделений, переброшенных на этот театр военных действий.Евгений часто остро критиковал недостатки внутреннего устройства монархии Габсбургов и не раз высказывался в том духе, что это государство обречено на исчезновение как безнадежный анахронизм. Такие «революционные» заявления не мешали эрцгерцогу придерживаться достаточно консервативных взглядов, что, впрочем, неудивительно для набожного католика, рыцаря германского и мальтийского орденов. После 1918 г. он отказался присягнуть Австрийской республике и был вынужден покинуть родину, обосновавшись в Швейцарии, где в 1923 г. отказался от гроссмейстерства в Ордене германских рыцарей. В 1934 г., когда в Австрии установился авторитарный режим канцлера Э. Дольфуса, более благосклонный к Габсбургам, эрцгерцог поселился в Гумполъдскирхене (Нижняя Австрия). Последние 25лет его долгой жизни прошли в полной безвестности и одиночестве. Человек несомненно незаурядный, Евгений, к сожалению, не оставил мемуаров.