После падения кабинета К. Бадени (1897) монархия вступила в период политической нестабильности, когда работа рейхсрата была парализована стычками депутатов разных национальностей. Особенно ожесточенными оказались столкновения между немцами и чехами. Противоречия между ними не сводились лишь к вопросам употребления того или иного языка в качестве официального; это был, по справедливому замечанию А. Дж. Тэйлора, «конфликт между двумя нациями с собственными историческими традициями, столкновение королевства св. Вацлава со Священной Римской империей германской нации. Он не мог быть разрешен мирным путем»
Чехи бросили вызов положению австро-немцев как привилегированной нации, и разрешение конфликта в их пользу могло поставить под сомнение сам принцип разделения народов монархии на привилегированные и «остальные», на котором держалась дуалистическая система. Это понимали не только чешские и австро-немецкие политики, но и представители других национальностей. В результате формировавшиеся политические элиты других славянских народов стали все чаще выдвигать требования, аналогичные чешским, в своих провинциях. Эти требования наталкивались на ожесточенное сопротивление «исторических» наций — венгров в Транслейтании, поляков в Галиции, немцев в Крайне (провинции, населенной главным образом словенцами), итальянцев в Далмации и т. д. В 1897—1900 гг. усилились признаки раскола народов монархии на два лагеря. Разрыв между ними увеличивался в последующие годы, несмотря на усилия властей по сохранению внутреннего мира.
Тем не менее в 1900 г. внутриполитическая обстановка еще не казалась безнадежной. Стремясь восстановить эффективность государственного управления, император в очередной раз сделал ставку на лояльную наднациональную бюрократию, назначив премьер-министром Цислейтании Эрнста фон Кёрбера — одного из самых способных представителей австрийского высшего чиновничества. Казалось, появилась давно ожидавшаяся консерваторами «твердая рука», способная навести порядок в запутанных австрийских делах. Кёрбер напоминал своего современника П. А. Столыпина: он тоже полагал, что укрепление благосостояния народов монархии будет способствовать смягчению политических противоречий, а потому сосредоточился на экономических и финансовых реформах. В 1902 г. ему удалось — впервые за 4 года — добиться принятия госбюджета законным путем, с одобрения рейхсрата. Тем не менее надежды главы императорского правительства на нормализацию обстановки не оправдалось: парламент вновь вышел из-под контроля, стычки на национальной почве продолжались. В 1904 г. Кёрбер подал в отставку, и после переходного кабинета П. фон Гауча к власти в 1906 г. пришел новый «премьер с идеями» — Макс Владимир фон Бек.
Годом раньше в Моравии удалось прийти к соглашению между местными чехами и немцами, которое многие политики поспешили назвать примером разрешения этнических противоречий для всей монархии. «Моравский компромисс» (1905) заключался в разделении этой провинции на ряд районов, официальным языком в каждом из которых становился язык большинства — соответственно чешский или немецкий.