Осуществлял с помощью американских миллиардеров продажу за границу коллекций Эрмитажа, Музея нового западного искусства в Москве, а также ценностей, конфискованных у царской семьи и высших представителей русского дворянства.
С ноября 1930 г. по июль 1934 г. нарком снабжения СССР. Создал мощные мясомолочные комбинаты по американскому образцу для снабжения Москвы и Ленинграда, а потом и других городов. В июле 1934 г. – январе 1938 г. нарком пищевой промышленности СССР. В 1936 г. совершил первую поездку в США.
В январе 1938 г. на первой сессии Верховного Совета СССР первого созыва был утвержден заместителем Председателя Совнаркома СССР с освобождением от обязанностей наркома пищевой промышленности. Занимался вопросами товарооборота, курировал наркоматы торговли, легкой промышленности, пищевой промышленности, заготовок, Центросоюз. Одновременно в ноябре 1938 г. – марте 1946 г. нарком внешней торговли СССР. Заместителем Председателя СНК (Совета Министров) в общей сложности проработал 27 лет.
По воспоминаниям Н. С. Хрущева, в одной из командировок в Белоруссию военные летчики предложили ему полетать на самолете: «Он согласился, полетел, и об этом потом было написано в газетах. Сталин прочел, что Микоян летал на самолете и летчик при этом выполнял фигуры высшего пилотажа, и предложил объявить Микояну выговор за ненужный риск. Была сделана запись в протоколе, запрещавшая членам ЦК ВКП(б) и секретарям республиканских ЦК летать, это считалось слишком опасным. Летать мы стали во время войны» (Хрущев Н. С. Воспоминания).
Вместе с Н. И. Ежовым был докладчиком на февральско-мартовском (1937 г.) Пленуме ЦК ВКП(б) по делу Н. И. Бухарина. Являясь противником ликвидации НЭПа, Микоян тем не менее не выступил вместе с Н.И. Бухариным, А.И. Рыковым и др. участниками «правого уклона».
В записке на имя Н. И. Ежова от 15.07.1937 г. предлагал осуществить аресты работников Всесоюзного научно-исследовательского института рыбного хозяйства и океанографии Наркомпищепрома СССР. Осенью 1937 г. выезжал в Армению для проведения чистки партийных и государственных органов республики от «врагов народа». 20.12.1937 г. выступил с хвалебным докладом в адрес Н. И. Ежова на торжественном собрании, посвященном 20-летию ВЧК – ОГПУ – НКВД. Заявил: «Каждый гражданин СССР – сотрудник НКВД».
С 1941 года А. И. Микоян был председателем комитета продовольственно-вещевого снабжения Красной армии, а также членом Совета по эвакуации и Государственного комитета по восстановлению хозяйства освобожденных районов, с 1942 года был членом Государственного комитета обороны.
Часть партийно-государственного руководства (если только не большинство) увидела указание начать переход к продуктообмену немедленно. И особенно задет, судя по всему, был «торговец» Микоян. Он вспоминает о своём впечатлении от прочтения брошюры «Экономические проблемы социализма в СССР». «Прочитав ее, я был удивлен: в ней утверждалось, что этап товарооборота в экономике исчерпал себя, что надо переходить к продуктообмену между городом и деревней. Это был невероятно левацкий загиб. Я объяснял его тем, что Сталин, видимо, планировал осуществить построение коммунизма в нашей стране еще при своей жизни, что, конечно, было вещью нереальной». («Так было»).
Между тем из самого текста работы вовсе не следует, что Сталин предлагал форсировать процесс: «Необходимо, во-вторых, путем постепенных переходов, осуществляемых с выгодой для колхозов и, следовательно, для всего общества, поднять колхозную собственность до уровня общенародной собственности, а товарное обращение тоже путем постепенных переходов заменить системой продуктообмена, чтобы центральная власть или другой какой-либо общественно-экономический центр мог охватить всю продукцию общественного производства в интересах общества».
Как видим, Сталин говорит о постепенном переходе, причём даже во множественном числе. Получается, Микоян не понял прочитанного, он обратил внимание на само требование перехода к продуктообмену, которое его поразило и возмутило. Сам он уже не думал о том, чтобы куда-то двигаться вперед и что-то существенно менять. Его больше заботила оптимизация существующих «социалистических» товарно-денежных отношений и их государственного регулирования.
Сталин попытался устроить дискуссию со своими соратниками по поводу своей работы, о чём вспоминает Микоян. «Как-то на даче Сталина сидели члены Политбюро и высказывались об этой книге. Берия и Маленков начали активно подхалимски хвалить книгу, понимая, что Сталин этого ждет. Я не думаю, что они считали эту книгу правильной. Как показала последующая политика партии после смерти Сталина, они совсем не были согласны с утверждениями Сталина. И не случайно, что после все стало на свои места. Молотов что-то мычал вроде бы в поддержку, но в таких выражениях и так неопределенно, что было ясно: он не убежден в правильности мыслей Сталина.