Громом аплодисментов приветствовали делегаты и гости съезда речь лидера отечественной невропатологии и психиатрии. Особенно восторженно реагировала галерка, занятая студентами. Все встали. То в одном, то в другом конце зала раздавались противоправительственные лозунги.
Вечером того же дня разгневанный губернатор грозился закрыть съезд. То ли его отговорил от этого шага Сикорский, то ли сам он не решился на закрытие всероссийского форума врачей, но съезд работу в последующие дни продолжил. И с его трибуны, как бы поддерживая заданную Бехтеревым тональность, ораторы еще не раз критиковали существующие в стране порядки и призывали активно бороться за демократизацию государственного строя, за социальные преобразования, которые могли бы обеспечить улучшение условий жизни русского народа.
Речь Бехтерева имела большой резонанс. Многие газеты опубликовали ее изложение. Для многих даже близко знавших Бехтерева людей прямолинейно антиправительственная направленность речи оказалась неожиданностью. Многие сотрудники, коллеги и особенно студенты горячо приветствовали возвратившегося из Киева Бехтерева. Сторонники же существующего режима сочли его речь выпадом, недостойным академика и генерала, занимающего столь высокое положение в Военно-медицинской академии и в государственных органах. Некоторые реакционные газеты пытались дискредитировать маститого ученого в глазах общественности. Автор одного из таких пасквилей утверждал, что Бехтерев, пользуясь своим лидирующим положением в Петербургском обществе психиатров, является единоличным автором принятых этим обществом за последние месяцы демократических резолюций и что он вынуждал голосовать за них членов общества. 2 октября эта статья по настоянию Бехтерева обсуждалась на очередном заседании общества. Сам Бехтерев на это заседание намеренно не явился. Председательствовал приват-доцент Розенбах. Большинством членов общества статья была осуждена как клеветническая.
Настроение столичных психиатров и невропатологов отражали и материалы проведенного на том же заседании общества суда чести над врачом Кронштадтского госпиталя Филипповым, признавшим в процессе психической экспертизы «злостным симулянтом, требующим наказания» матроса с восставшего броненосца «Потемкин». Филиппов пытался доказать, что он дал лишь медицинское заключение, не вникая в последствия своего поступка, потом оправдывал свое недоброжелательное отношение к восставшим матросам гибелью своего близкого родственника в Цусимском сражении. Общество признало тем не менее поступок психиатра Филиппова недостойным и с гуманной миссией врача несовместимым.
В октябре 1905 года скоропостижно скончался начальник Военно-медицинской академии профессор Таренецкий, и Конференцией академии на этот пост был выдвинут Бехтерев. Таким образом, в период кульминации первой русской революции на Бехтерева легли обязанности начальника академии наряду с руководством кафедрой и клиникой душевных и нервных болезней. Через несколько дней после того, как Бехтерев возглавил академию, студенты на массовой сходке решили прекратить занятия и принять участие в охватившей столицу всеобщей забастовке. Военно-медицинская академия, таким образом, стала одним из активных очагов революционного движения. По распоряжению градоначальника главное здание академии заняли воинские и полицейские части. По настоятельному требованию Бехтерева «свободным от постоя», кроме клиник, осталось лишь студенческое общежитие, куда он перевел канцелярию академии. Сам Бехтерев бывал в общежитии ежедневно, подолгу беседовал со студентами на различные, в том числе на общественно-политические темы и таким образом знал их отношение к событиям, потрясающим Петербург и всю Россию, знал, какое участие в этих событиях принимали и сами питомцы академии. Обо всем этом докладывали Бехтереву и призванные следить за благонадежностью студентов ретивые штаб-офицеры, однако с фискалами он держался недружелюбно, считая, что активное участие студентов в революционных событиях вполне естественно.
Как вспоминал позже Бехтерев, сам он был к тому времени активным противником царского режима, но считал, что борьба с ним не должна сопровождаться кровопролитием. Возглавляя академию, он делал все возможное, чтобы не допустить столкновений между студентами и войсками на территории академии. И, надо сказать, это ему удалось.