Но Павлова и Бехтерева многое и отличало. Так, Павлов был физиолог и всецело отдавал себя экспериментальной работе. Как экспериментатор он всегда отличался осторожностью в выводах и позволял себе публиковать лишь те материалы, в достоверности которых он убеждался после многократной проверки. Павлов умел концентрировать все свое внимание на важных, но относительно узких физиологических проблемах, умел отметать возникающие при их разработке «побочные ассоциации» и не отклоняться таким образом с пути, ведущего к достижению конкретной, ранее намеченной цели. Бехтерев же был прежде всего врачом-клиницистом. Он стремился как можно полнее познать человека. А для этого требовалось постижение многих фундаментальных научных и клинических дисциплин и умение разбираться в вопросах социологии. Подчас в одно и то же время его занимали совершенно разные проблемы, решение которых казалось ему безотлагательным. Вновь полученными экспериментальными данными о нервной и психической деятельности человека и возникающими на их основе мыслями Владимир Михайлович стремился как можно скорее поделиться с коллегами, а подчас и с широкой аудиторией, сделать быстрее свои мысли всеобщим достоянием. Притом Бехтерев иной раз спешил и потому делился не только выверенными фактами, но и гипотетическими идеями, которые не всегда оказывались бесспорными и порой были уязвимы. Это создавало, естественно, повод для критики. И в таких случаях наиболее активным его критиком, как правило, оказывался всегда внимательно следивший за публикациями Бехтерева академик И. П. Павлов.
Вот один из примеров не всегда легко складывавшихся между обоими учеными взаимоотношений. Свой фундаментальный труд по нейрофизиологии «Основы учения о функциях мозга» в семи томах Бехтерев завершил в 1907 году. Но уже за год до этого опубликованные тома были представлены на премию Академии наук имени академика К. М. Бэра. Конкурс этот тогда, однако, не состоялся, и работа Бехтерева уже после завершения ее публикации перешла на конкурс имени академика Л. Л. Рклицкого. Конкурсную комиссию составляли академики В. В. Зеленский, В. Н. Насонов и И. П. Павлов. И. П. Павлов дал рецензию на книгу Владимира Михайловича. В ней, в частности, говорилось следующее: «Книга академика В. М. Бехтерева представляет собой весьма обширное систематическое изложение указанного в заголовке предмета, изложение, единственное по своей полноте не только в русской, но и в иностранной литературе. Занимаясь несколько десятков лет со своими учениками разработкой огромного количества тем в данной области, он получил возможность излагать все учение о мозге не только полно с литературной стороны, но и с личным знанием дела в массе пунктов его. Ввиду сказанного книга автора должна стать главным руководством при специальном ознакомлении врачей и естественников с центральной нервной системой».
Несмотря на такую, казалось бы, высокую оценку книги, Павлов высказался все-таки против присуждения Бехтереву премии за нее, и в результате искомую премию тот так и не получил.
После публикации «Основ учения о функциях мозга» Бехтерев и его сотрудники продолжали изучение нейрофизиологии, применяя, в частности, разрабатываемые ими методы вызывания сочетательных рефлексов. Однако главенствующее положение в сфере внимания ученого стали занимать исследования по психологии человека.
Еще в апреле 1904 года на одном из заседаний Общества нормальной и патологической психологии Бехтерев сообщил, что Центральная комиссия по исследованию мозга, созданная Международной ассоциацией национальных академий, на общем собрании ассоциаций, состоявшемся в Лондоне 25 мая 1903 года, предложила войти с ходатайством в правительства наиболее развитых стран о создании в этих странах специализированных институтов для изучения центральной нервной системы. Перед этими институтами предполагалось поставить такие задачи: техническая помощь исследователям мозга, осуществление больших совместных работ по изучению мозга, сохранение, накопление и обобщение соответствующих научных материалов. В связи с этим Бехтерев счел своим долгом ознакомить участников заседания с разработанным им проектом института для психологических и неврологических исследований, мысль о котором возникла у него с начала мая 1903 года и тогда же была им обсуждена с некоторыми членами общества.