Чтобы проводить проверку подозрительных лиц, прежде всего бывших военнослужащих Красной Армии, лиц, уклонившихся от мобилизации при отступлении советских войск в 1941–1942 гг., органы контрразведки «СМЕРШ» использовали возможности, предоставлявшиеся в период нахождения указанных и других категорий граждан на сборно-пересыльных пунктах, в запасных армейских полках, в фильтрационных (специальных) лагерях НКВД СССР. Количество лагерей менялось в течение войны. В 1944 г. их имелось более 10 и в каждом работал штатный отдел военной контрразведки «СМЕРШ».
При прочесывании населенных пунктов военным контрразведчикам удавалось задерживать не только агентуру противника, но и отдельных официальных сотрудников немецких спецслужб. Так, в июле 1944 г. был задержан зондерфюрер Э. Брониковский-Герасимович – инструктор разведоргана при Ставке германского военного командования. Установив личность задержанного, чекисты проверили его по розыскным спискам. Оказалось, что Брониковский ранее являлся заместителем начальника Борисовской разведшколы, а затем – школы радистов Абвера. На допросе в отделе «СМЕРШ» он назвал 36 агентов, которые были заброшены в тыл Красной Армии, а также в районы Москвы, Калинина и Тулы при его непосредственном участии. Используя полученную от арестованного информацию, чекисты задержали 27 агентов, а остальных объявили в розыск [14, с. 85].
В ходе наступательных операций 1944 г. сотрудники военной контрразведки и аппаратов госбезопасности, вновь организуемых на освобожденной от врага территории, столкнулись с активной деятельностью антисоветских организаций, созданных и функционировавших под эгидой немецкой военной разведки, а также Главного управления имперской службы безопасности (РСХА). Особое внимание чекистов привлекли эти пронацистские образования и их боевые структуры в связи с использованием их кадров немецкими спецслужбами для вербовки в качестве агентов-разведчиков, диверсантов и пропагандистов. Например, так называемый «Зондерштаб-Р» был организован из белоэмигрантов и плененных немцами советских военнослужащих. Как уже было указано, он существовал с марта 1942 г. при 1-м отделе штаба «Валли». С начала 1944 г., будучи формально ликвидированным, «Зондерштаб-Р» передал своих многочисленных сотрудников в разведывательные и диверсионные школы [7, с. 244].
В разведывательно-подрывной работе против нашей страны и ее армии противник широко использовал также кадры РОА, «Боевого союза русских националистов» во главе с бывшим генералом РККА И. Бессоновым (который создал и «Политический центр борьбы с большевизмом»), «Национал-социалистической трудовой партии России», «Русского национал-социалистического союза», националистических легионов: Грузинского, Армянского, Туркестанского, Калмыкского, Эстонского и т. д.
Весной и летом 1944 г. НКГБ СССР и ГУКР НКО «СМЕРШ» подготовили и направили в территориальные и фронтовые органы ряд указаний по выявлению деятельности и личного состава названных выше и других антисоветских и националистических организаций. Одним из первых последовало указание НКГБ СССР № 36 от 28 марта «О выявлении и агентурной разработке связи «Национал-социалистической трудовой партии России» (НСТПР) и командного состава «Русской народной армии» (РНА)». В документе отмечалось, что НСТПР по заданию германского командования активно проводит разведывательную и контрразведывательную работу, засылая в тыл Красной Армии шпионов и диверсантов [9, с. 261–262]. Аналогичную информацию содержало указание НКГБ СССР № 2695 от 11 июля 1944 г. «О работе по «Национально-туркестанскому комитету единства»; директивы ГУКР НКО «СМЕРШ» об агентурно-оперативных мероприятиях по выявлению и аресту участников антисоветской организации «Союз борьбы против большевизма» (№ 50100 от 26 июля 1944 г.) и участников «Союза белорусской молодежи» (№ 55413 от 14 августа 1944 г.); указание НКГБ СССР о проведении контрразведывательных мероприятий в отношении антисоветских казачьих формирований (№ 108 от 24 августа 1944 г.) и т. д.
Базой для подобного рода документов являлись результаты следствия по возбужденным уголовным делам, а также донесения зафронтовой агентуры.