После этого русские войска овладели ещё несколькими крепостями, одержали ряд побед на открытых просторах Молдавии и Валахии. Однако эта затяжная война поглощала бездну средств. Не говоря уж о весьма ощутимых потерях личного состава. В предчувствии надвигающейся опасности со стороны Наполеона новый военный министр Барклай-де-Толли убеждал министра иностранных дел Румянцева в необходимости как можно скорее примириться с Турцией. В августе 1810 года он писал: «Повторить я должен, что ежели мир сей год утверждён будет, то довольно ещё останется нам времени усредоточить наши силы и сугубым мужеством и благоразумными мерами отразить участь, России угрожаемую».
Тем не менее ни в «сей год», ни в год будущий мир с турками заключить не удалось. Нехватка денег в государственной казне из-за тисков континентальной блокады вынудила Александра I подписать указ о введении нового коммерческого тарифа, предусматривающего гораздо большие пошлины на импортные товары, особенно на предметы роскоши, завозимые в Россию из Франции.
Ответная реакция Наполеона была настолько враждебной, что царь вынужден был согласиться с Барклаем на перемещение к западной границе пяти дивизий с турецкого театра и одной дивизии из Финляндии. С каждым месяцем тон переписки между двумя государями повышался, они обвиняли друг друга в нарушениях договоров, заявления о дружбе сменялись упрёками. Обвинять Наполеона было за что. Проглотив одно за другим все европейские государства, он превратил Европу в военный лагерь. Он не сдержал обещания в самый тяжёлый год борьбы России со шведами высадить десант в Южной Швеции. Наконец, всячески подстрекал Турцию продолжать войну с русскими. Но с 1811 году, ещё не готовый к серьёзной схватке с Россией, он сбавил тон своих посланий.
Барклай тотчас возобновил свои усилия на окончание войны с Турцией. На пост главнокомандующего в Молдавии и Валахии он назначил Михаила Илларионовича Кутузова, до того занимавшего пост военного губернатора в Литве. Война против турок приняла более ожесточённый характер.
В то же время началась реорганизация армии. Из каждых пятисот крепостных крестьян призывались в армию и флот девять человек. Они обучались в рекрутских депо, вливались в войсковые соединения или сводились в новые пехотные и кавалерийские дивизии, резервные артиллерийские бригады. По учреждении Военного министерства в его состав вошли семь департаментов: артиллерийский, инженерный, инспекторский, аудиторский (военно-судебный), комиссариатский, провиантский и медицинский. Деятельность каждого была скрупулёзно расписана по пунктам, чем устранялось дублирование приказов и действий, повышались оперативность и чёткость руководства войсками во всех звеньях, строго определялся круг вопросов и обязанностей, находящихся в компетенции различных служб.
Материалами для этих реформ послужили постановления по военной части, существовавшие в России, и схожие распоряжения, изданные во Франций с 1791 года. Таким образом обобщался не только отечественный, но и мировой опыт, направленный на борьбу именно с французской армией.
Отныне пехотный полк состоял из двух батальонов, батальон — из четырёх рот. В кавалерии полки гвардейские, кирасирские и драгунские имели по пять эскадронов, гусарские и уланские — по десять. В артиллерийские бригады входило три роты. В пехотную дивизию включались три бригады двухполкового состава. Единую структуру получали и инженерные войска. Пионерские батальоны составлялись из четырёх рот: двух понтонных, одной сапёрной и одной минёрной.
Реорганизации подвергся и морской флот. Правда, не столь кардинальной. Здесь ввели фронтовую службу и новое обмундирование — вместе шляп кивера. Матросов велено было обучать маршировке и ружейным приёмам. По воскресеньям даже кадет Морского корпуса стали возить во дворец играть с малолетними великими князьями в солдаты. Кто-то вызывался барабанщиком, а остальные, вооружённые ружьями, маршировали на плацу, заступали в караул на устроенную в зале гауптвахту. Бывало, и государь начинал возиться с детьми. Кончалось тем, что его валили с ног, а он просил пощады, тогда как довольно было одного взмаха его руки, чтобы ребятня разлетелась в разные стороны. Потом кадет угощали обедом, давали конфеты и мёд. Иногда старший из князей приезжал в Корпус, после чего воспитанников распускали на три дня по домам.
Вместо убывшего в сухопутную армию Чичагова пост морского министра занял французский эмигрант маркиз Жан Франсуа де Траверсе, нареченный в России Иваном Ивановичем. В молодости он служил на флоте своего отечества, командовал судами, участвовал в войне за независимость Северо-Американских Штатов... В 1791 году из капитанов французского флота был принят в наш гребной флот с чином капитана генерал-майорского ранга и через десять лет дослужился до полного адмирала. В 1802 году его назначили главным командиром Черноморского флота.