Тем не менее опасения колчаковской администрации относительно бойкотирования воинских мобилизаций оправдывались. Так, в период напряженных боев под Омском в начале ноября 1919 г. Иркутский Губернский Бурятский съезд отказался поддержать призыв губернатора П. Д. Яковлева к отправке в армию добровольцев. Бурятия (в лице делегатов от аймаков и Национального комитета) настаивала на признании за ней права «невмешательства в гражданскую войну»: «Решено было категорически протестовать против приказа (о мобилизации
Несмотря на то что в ноябре 1919 г. участники национальных съездов высказывали явные симпатии большевикам и советской власти («во время большевиков с них не брали ни копейки податей, а теперь берут почем зря»), мартовский (1920 г.) бурятский съезд высказался в отношении Белого дела в Забайкалье и Монголии уже иначе (была заслушана делегация представителей «Западной части Забайкальской области», занятой советскими войсками): «Главное ходатайство бурят, томящихся под игом большевизма…, заключается в просьбе о скорейшем распоряжении о высылке Правительственных (Дальневосточной армии
Весной 1919 г., надеясь на скорое признание мировыми державами колчаковского правительства в качестве всероссийского, официальный Омск не спешил оказывать поддержку намерениям Семенова в отношении Монголии. Управляющий МИД И. И. Сукин поспешил отмежеваться от Даурской конференции, заявив о приверженности Кяхтинскому соглашению. В письме в Омск 28 марта 1919 г. кн. Кудашев писал, что панмонгольское движение может спровоцировать Китай на ввод своих войск во Внешнюю Монголию, что у Китая никогда не ослабевало «вожделение возвратить обращенные Россией в буферные государства Халху и Баргу под свое непосредственное управление». Оценивая позицию Омска, следует все же иметь в виду, что непримиримых оппонентов идеям Семенова о создании в Забайкалье «буфера» против «революционного» Китая тогда не было. Существовали лишь разногласия по статусу Бурятии и Урянхайского края.
Атаман не видел серьезных препятствий для «оказачивания» местного населения и широкого развития Монголо-Бурятской автономии. Косвенным свидетельством «радикализма» Семенова служил факт его сотрудничества с «фанатичным бурятским националистом» (по оценке министра И. И. Серебренникова) Дорджи Ринчино, бывшим министром народного просвещения в составе Временного Сибирского правительства, «готовым, ради сохранения бурятских национальных учреждений, работать где, как и с кем угодно, и мечтавшим о возрождении монгольской славы, которую разнес когда-то по всему миру знаменитый полководец и завоеватель Чингисхан».
В отличие от Семенова, представители Российского правительства считали возможным развитие «автономных» тенденций, но под контролем со стороны центральной власти. Примером решения подобных проблем была принятая по инициативе главы МВД В. Н. Пепеляева «Инструкция должностным лицам Урянхайского края». Данный регион, вместе с Усинским округом Енисейской губернии, выделялся в отдельную административную единицу. Исполнительные структуры власти представлялись комиссаром края, имевшим полномочия Управляющего губернией, согласно Временному Положению о губернских, областных и уездных комиссарах 1917 г., и его помощником, Советом при комиссаре, а также окружными комиссарами и «ведомственными должностными лицами».