Местное самоуправление (аймачные и хошунные структуры) сохранялись, признавались и нормы местного «обычного права», а комиссар был обязан «оказывать туземному населению содействие в организации учреждений на основании его обычного и иного местного права». Верховное управление краем осуществлялось по линии МВД, глава которого утверждал «туземных правителей» – хошунов. Остальные местные чиновники утверждались комиссаром. Менялся и порядок признания верховной духовной власти. Теперь глава Ламаистской церкви в Бурятии назначался на свою должность Главноуправляющим по делам вероисповеданий после согласования с главами МВД и МИД. Представителям этих двух ведомств краевой комиссар должен был также доносить про «все вопросы – пограничные и касающиеся взаимоотношений русского и туземного населения… (равно как и о деятельности Китая и Монголии)». Краевой комиссар обязывался «оказывать законную защиту и поддержку» местному населению в самых разнообразных сторонах правовой, экономической помощи, в системе безопасности, землеустройстве русских поселенцев, а также в «делах, требующих соглашения урянхов с русскими, равно как и укрепления взаимных между ними отношений». Функции милиции мог выполнять как Конвой краевого комиссара, так и «воинские части, имеющие пребывание на территории ему подведомственной».
Совет при комиссаре выполнял совещательные функции и состоял из помощника комиссара, одного из окружных комиссаров, заведующего устройством русского населения в Урянхае, товарища прокурора окружного суда в Урянхае, а также председателя краевой земской управы, городского головы столицы Урянхая – г. Белоцарска, представителей «туземного населения» (по одному от каждого хошуна). Совет, в частности, контролировал законоприменительную практику в крае, уточнял и корректировал законодательные акты применительно к региональной специфике. Окружные комиссары контролировали «деятельность всех окружных правительственных учреждений гражданского ведомства» (за исключением судов и Государственного контроля), и так же, как краевой комиссар, оказывали содействие «местному туземному населению» в организации учреждений «на основании местного обычного права». Особое значение приобретала деятельность Переселенческого управления в крае, ответственного за «содействие русскому и туземному населению в его культурно-хозяйственной деятельности», в частности в области сельскохозяйственного освоения земель.
Разработанная инструкция призвана была снять целый ряд проблем в организации местной власти, усилении российского влияния в регионе. Подобные перспективы разделялись многими участниками Белого движения, сторонниками расширения автономных прав в решении «национального вопроса», однако реализовать положения документа на практике не удалось. Реальным результатом изменения статуса высших лиц автономного управления стало назначение Ширетуй-ламы Дашипунцеглынского дацана (буддийского монастыря) Гебиш Хамбо Гелун Чжамцо на должность Бандидо-Хамбо-Ламы – главы Урянхайского ламаистского духовенства. Соответствующий указ об этом был подписан Верховным Правителем после визита в Омск Ширетуй-ламы 21–22 июля 1919 г. и посещения им Колчака и главы МВД Пепеляева. Чжамцо подарил адмиралу большой голубой платок, что, по воспоминаниям генерала для поручений М. А. Иностранцева, означало у монголов «знак высшего расположения и показатель глубокого почтения и преданности». В ответ Колчак наградил главу ламаистского духовенства орденом Св. Анны 1-й степени, личным портретом, а также моторной лодкой для поездок по Енисею.
По оценке Иностранцева, «глава ламаистского духовенства этого края имел огромное влияние на всех исповедующих ламаистскую религию». Во время приема Колчак особо отмечал, что «ему приятно видеть у себя главу ламаистского духовенства, и притом известного своей любовью и преданностью к России». Адмирал «просил его передать и монгольскому народу, что Россия всегда считала монголов своими друзьями и готова помогать им в чем будет в силах». Глава МВД смотрел на назначение Бандидо-Хамбо-Ламы с точки зрения перспектив противостояния красным партизанам и Китаю, о чем свидетельствовала запись в дневнике Пепеляева (от 22 июля): «У меня был с визитом Бандидо-Хамбо-Лама, глава Урянхайского духовенства. У них тоже борьба партий. Хамбо-Лама хочет подкрепить свой авторитет русским шариком (шарик – статусный знак иерерахии власти, принятый у китайских чиновников