Но военная география не была единственной областью научной деятельности Маркова. Так, он издал«Записки по истории Русской армии. 1856-1891», в которых дал анализ проводившихся в России в XIX веке военных реформ. Немало места было отведено и Русско-Турецкой войне 1877–1878 годов. При этом Марков затрагивал не только узко-военную тематику, но и политическую обстановку, а также причины, вызвавшие войну. Особое внимание он обращал на «самобытные национальные черты нашей армии и русского солдата, гибкие формы боевого порядка, развитие духа».
Продолжая тему Русско-Турецкой войны, Сергей Леонидович составил книгу «Приказы Скобелева в 1877–1878 гг.», коснувшись судьбы легендарного «Белого Генерала». В продолжение темы в 1912 году, по случаю открытия памятника генералу М. Д. Скобелеву в Москве, Марков написал очерк памяти героя. Обращение к личности генерала Скобелева, по-видимому, не было случайным для Сергея Леонидовича. Впоследствии, в ходе Мировой и Гражданской войн, Марков проявил исключительные боевые качества, сильно напоминая своим поведением на фронте «Белого Генерала» Скобелева.
Не оставлял Марков и тему другой войны – Русско-Японской, тему горькую для него и всего русского офицерства. А. И. Деникин, характеризуя состояние армии после этой войны, писал: «…Маньчжурская неудача послужила для большинства моральным толчком к пробуждению, в особенности среди молодежи. Никогда еще, вероятно, военная мысль не работала так интенсивно, как в годы после японской войны. О необходимости реорганизации армии говорили, писали, кричали. Усилилась потребность в самообразовании, значительно возрос интерес к военной печати». Среди этих «писавших» и «кричавших» был и Сергей Леонидович. Наряду с уже упоминавшейся книгой «Еще раз о Сандепу» (1911), Марков печатает в военной периодике ряд обративших на себя внимание статей, продолжая анализ причин поражения России. Еще в 1906 году Генеральным Штабом была выпущена книга «Русско-Японская война в сообщениях Академии Генерального Штаба» под редакцией А. И. Баиова. Среди работ таких уже известных авторов, как полковники Н. А. Данилов, Н. П. Вадбольский, В. Ф. Новицкий, А. Ф. Матковский, С. К. Добророльский, есть и статья Маркова, тогда еще капитана, о действиях Восточного отряда генерала Штакельберга на реке Шахэ. В предисловии редактор особо отмечает статью молодого офицера: «Кроме сообщений, сделанных в Академии, в 1-ю часть сборника, в видах полноты и цельности описания событий войны, включена также и статья Генерального штаба капитана Маркова… Академия искренне благодарна капитану Маркову за доставленную им возможность сделать настоящий сборник более полным и полезным…»
С одним из авторов «Сообщений» – генералом Незнамовым – Маркова связывали не только профессиональные, но и дружеские отношения. Об их встречах сохранились воспоминания племянника генерала Незнамова, участника Белой борьбы в рядах Марковцев, эмигрировавшего из России в 1920 году: «Однажды у генерала Незнамова его племянник встретил и познакомился с молодым подполковником Генерального штаба Марковым. …Этот офицер произвел сразу же огромное впечатление не только своим внешним обликом, энергией, но и живым, глубоким и всеобъемлющим умом и даром речи. Д. Незнамов почувствовал в подполковнике Маркове исключительного человека и незаурядного офицера…
Беседы генерала Незнамова и подполковника Маркова касались, главным образом, военных тем, иногда отвлекались на вопросы высшей государственной политики. Но все темы разговоров всегда носили характер стремления к нахождению лучших положительных решений и никогда не соскальзывали на путь критики. Это были разговоры двух умных и рассудительных людей…
Д. Незнамов слушал с огромным вниманием и глубокими переживаниями. Перед ним ярко вставали картины и образы выполнения гражданского долга перед Родиной, – ее народ, облаченный в солдатскую форму.
Напомнили ему старорусское: “Ляжем костьми за Русь!” Но тут же и слова генерала Гурко: “Вы говорите – ляжем костьми? Но мне нужно, чтобы пали костьми не вы, а турки!” Необходимость достижения [успеха] “малой кровью”, которая может быть только при умелом водительстве войск их начальниками.
Требования, предъявляемые к офицерам, качества, которыми они должны были обладать, оказались чрезвычайно огромными и тяжелыми. Д. Незнамов стал понимать и ценить Офицера.
Говорилось о состоянии военной науки в России. Тут было не все благополучно, хотя урок русско-японской войны и не прошел даром. Нужно непрерывное развитие творческой мысли: не только учет опыта на победах и поражениях, но и проникновение в будущее, создание новых методов и способов в ведении боев и сражений…
Для Д. Незнамова было над чем серьезно задуматься, и в размышлениях о слышанных разговорах он приходил к заключению, что ведение войны не есть чисто техническое дело, но [оно] и чрезвычайно глубоко связано с психологией бойцов и их развитием, а среди них и главным образом – начальников, офицеров. Он стал понимать, что военное дело – не просто ремесло, а искусство.