Разумеется, все это было только ширмой: ни Молчанов, ни Вержбицкий, ни их подчиненные не желали складывать оружие – они слишком хорошо понимали, что мирное сосуществование с большевиками невозможно. Но вот самого оружия как раз и не было. Оставалось ждать улучшения обстановки. При этом «каппелевская» армия сохраняла свою военную организацию, во главе ее по-прежнему оставался генерал Вержбицкий, а Молчанов был помощником Командующего и активно поддерживал его во всех начинаниях.
В свою очередь Приморская власть охотно расправилась бы с ненавистными белыми силой, но этому препятствовали остававшиеся в крае японские войска. По соглашению с японцами вся полоса вдоль линии железной дороги была демилитаризована и Приморским властям разрешалось держать там лишь очень небольшие части Народной Милиции. То же касалось и крупных городов – Владивостока и Никольска-Уссурийского. Таким образом, белые войска жили пока под охраной японских штыков. Граница зоны японской оккупации заканчивалась южнее станции Уссури, Хабаровск был ими эвакуирован в конце 1920 года.
Атаман Семенов между тем не оставлял попыток расколоть каппелевскую армию. Ему удалось заполучить в число своих сторонников командира Егерского полка полковника П. Е. Глудкина. Тот получил от Атамана приказ возглавить все части 3-го корпуса, «оставшиеся верными своему долгу». Глудкину удалось склонить на свою сторону Егерский и Уральский полки, которые вышли из подчинения Молчанова и образовали 1-ю Отдельную стрелковую бригаду. Тогда же из рядов 2-го корпуса вышли 1-й Добровольческий полк, Красноуфимский конный дивизион и Добровольческая батарея, которые также примкнули к гродековцам, образовав 2-ю Отдельную стрелковую бригаду генерала Осипова. Таким образом, теперь большую часть «семеновцев» составляли уже бывшие «каппелевцы». Семенов снабжал всю эту группу из оставшихся у него средств, в то время как подчиненным Вержбицкого и Молчанова приходилось довольствоваться остатками имущества, вывезенного из Забайкалья.
К весне эти средства вышли все. Единственным выходом был бы переворот во Владивостоке и установление там «своей» власти. В этом командование Армии получило активную поддержку японцев, ожидалась помощь и от проходившего в марте во Владивостоке Съезда несоциалистических организаций Приморья и полосы отчуждения КВЖД во главе с крупными предпринимателями братьями С. Д. и Н. Д. Меркуловыми. Переворот состоялся 26 мая 1921 года, причем непосредственными исполнителями являлись как «каппелевцы», так и «глудкинцы». Власть просоветской Земской Управы была свергнута, и вместо нее образовано Временное Приамурское Правительство братьев Меркуловых.
Этот удачный ход, казалось бы, примирил на время каппелевцев и семеновцев, все они готовились теперь вкусить плоды своей победы и решить хотя бы самые насущные задачи. Но в этот момент, 30 мая, на японском пароходе«Киодо-Мару» во Владивосток из Порт-Артура прибыл Атаман, который потребовал передать всю власть в области ему. При этом Григорий Михайлович намеревался объединить под своим командованием все войска и организовать с ними немедленное наступление. Однако его претензии привели лишь к острейшему конфликту. Правительство Меркуловых отказалось передавать ему власть, Молчанов, Вержбицкий и Смолин отказались подчиняться. Семенову пришлось тайно покинуть корабль и добраться до верной ему Гродековской группы, но это лишь вызвало несколько кровопролитных стычек. Противостояние продолжалось несколько месяцев, каппелевцы готовы были идти на соглашение при единственном условии: немедленном отъезде Семенова из Приморья. В конце концов Атаману пришлось согласиться на это, но последствия конфликта еще долго давали о себе знать, и лишь поздней осенью командование Гродековской группы согласилось подчиниться каппелевскому командованию.
Каппелевцы стали главной опорой нового правительства, но положение их изменилось к лучшему не намного. Официально они числились не армией, а «резервом Милиции»; в ходе переворота японцы выдали им некоторое количество винтовок, но больше оружия пока не давали. С другой стороны, Вержбицкий занял пост военного министра в правительстве Меркулова, а Молчанов 1 июня был назначен начальником гарнизона Раздольного и вступил в исполнение обязанностей начальника гарнизона Владивостока (последнее назначение было 13 июня утверждено Временным Приамурским Правительством). Его 3-й корпус к этому времени состоял из Поволжской стрелковой бригады генерала Н. П. Сахарова (Волжский имени генерала Каппеля, 4-й Уфимский имени генерала Корнилова и 8-й Камский имени адмирала Колчака стрелковые полки, 1-й Кавалерийский полк и Сводно-артиллерийский дивизион) и Ижевско-Воткинской стрелковой бригады полковника А. Г. Ефимова (Ижевский и Воткинский стрелковые полки, Воткинский конный дивизион). Из состава Гродековской группы в корпус должны были быть переданы 2-я Стрелковая бригада генерала Осипова (1-й Добровольческий полк, Красноуфимский конный дивизион и Отдельная Добровольческая батарея) и Сибирский казачий полк с батареей.