В Уфе, где сосредоточились корабли Флота, была сформирована комиссия по подготовке его к зимовке, состоявшая из четырех морских офицеров и пяти речников. Постановка судов на зимовку началась с 9 октября. Вольнонаемным служащим было предложено взять расчет и при желании – эвакуироваться в Сибирь.
Оставив корабли зимовать (в следующем году из них был сформирован 2-й дивизион камской Речной боевой флотилии, так и не принявший участие в боях), личный состав 1-го и 3-го дивизионов во главе с капитаном 2-го ранга Феодосьевым погрузился в эшелон и в 20-х числах октября отправился в Омск. Но уже 22 октября по приказанию командующего войсками Камской группы генерала С. Н. Люпова эшелон был возвращен на фронт (в район города Бирска) и отпущен для дальнейшего следования лишь после того, как в распоряжение сухопутного начальства были переданы армейские офицеры и рядовой состав, не имеющий морской подготовки. В распоряжении Камской группы в районе Бирска были также оставлены корабли «Россия», «Дредноут», «Грозный», «Гневный». Они были вооружены пятью трехдюймовыми, одной 48-линейной и одной трехдюймовой горными пушками, 15 пулеметами, на кораблях также находились 100 винтовок и один прожектор.
Но эшелон с моряками Речного Боевого Флота уехал в Омск (туда он прибыл 10 ноября), а командиры – Старк и Феодосьев – остались в Уфе. В октябре – ноябре 1918 года в военной биографии Георгия Карловича произошел весьма неприятный поворот, явившийся отголоском недавних разногласий флотского и сухопутного начальства. 26 октября приказом начальника Штаба Главнокомандующего армиями Западного фронта генерала М. К. Дитерихса контр-адмирал Г. К. Старк был предан полевому суду «…за неисполнение приказа и пропуск судов противника вверх по Каме выше устья р[еки] Белой». 31 октября генерал Люпов подписал приказ по военно-судной части, в котором говорилось, в частности, следующее:
«Из дознания, представленного Генерал-Майорами Тимоновым и Ковальским, усматривается:
Будучи подчинен с 26-го сентября сего года Начальнику Формирования частей Народной Армии Уфимской губернии Генерал-Майору Тимонову и с 4-го октября мне, как Командиру [2-го Уфимского] Корпуса, стоя во главе флотилии особого назначения, К[онтр]-Адмирал Старк получил боевые приказы – преградить неприятелю путь вверх по р[еке] Каме и обеспечить наше сообщение с Пермской группой. Приказов этих он не исполнил, а наоборот – ушел с Флотом в р[еку] Белую. По получении категорического подтверждения приказа возвратиться на прежние позиции и охранять их ценою флота, вышел в р[еку] Каму и, не дав боя неприятелю, снова возвратился в Азякуль…» По словам Люпова, из-за этого «образовался прорыв неприятелем нашего фронта и нарушение связи с нашими войсками, что привело к весьма гибельным последствиям».
На основании вышеизложенного командующий Камской группой принял решение предать контр-адмирала Старка военно-полевому суду. Вместе с ним перед судом предстал и капитан 2-го ранга Феодосьев, которого обвиняли в том, что он, вступив в командование «флотилией особого назначения» 13 октября (в этот день Старк был отстранен от должности приказом Люпова), «с 13-го по 17-е октября категорически отказался от исполнения ряда боевых приказов и отвел флот в глубокий тыл, чем способствовал прорыву фронта Корпуса противником, каковое обстоятельство привело к весьма гибельным последствиям».
Естественно, что с такими тяжелыми, если не сказать – страшными для любого военного обвинениями, контр-адмирал Старк согласиться не мог. Еще до суда, в период командования двумя дивизионами флота, он объяснял генералу Люпову факт ухода кораблей флота на зимовку в Уфу, ссылаясь на приказ командующего Северной группой Народной Армии полковника Степанова. Люпов же отрицал законность этого приказа, ссылаясь на то, что начиная с 24 сентября флот подчинялся командующему Уфимской группой (возможно, именно после этого Старку и было приказано передать командование Феодосьеву). После отдачи под суд Старк пытался обратиться к генералу Дитерихсу с просьбой прибыть в его штаб для объяснений, но Дитерихс ответил, что он обращается не по команде и что «беспристрастный суд все разберет». Отказывался принять адмирала и командующий Уфимской группой. Он сделал это лишь через четыре дня после прибытия Старка в Уфу и только после того, как адмирал послал ему телеграмму со словами: «Если Вам дорога Россия, то прошу меня принять».