Я получил телеграммы председателя правительства и генерала Вержбицкого (Командующий войсками. – Н. К.) в Харбине, где я находился на частной службе. Отдавая себе полный отчет во всей сложности обстановки во Владивостоке и во всей тяжести работы, которую мне предстояло взвалить на себя, я, вместе с тем, не считал себя вправе ответить отказом на призыв единственного существовавшего тогда национального правительства и выехал во Владивосток.
17-го июня я прибыл во Владивосток и 18-го июня во исполнение приказа Вр[еменного] Приам[урского] правительства от того же числа за № 27 вступил в командование Сибирской флотилией».
В новой должности Старк энергично взялся за дело. Были начаты работы по ремонту затопленных и разрушенных кораблей флотилии, налажено укомплектование их команд нижними чинами. Одной из самых первых и важных задач, которую предстояло решить новому Командующему, было недопущение какого-либо участия моряков флотилии в «политических играх». Ведь среди тех, кто подчинялся сейчас Георгию Карловичу, были и сторонники Атамана Семенова, были и те, кто еще недавно служил под Андреевским флагом с крестом… красного цвета, поднимавшимся на кораблях ДВР. Как писал сам адмирал, «первой задачей, которую я себе поставил, было достигнуть единомыслия в среде старших из моих подчиненных, устранить элемент политической борьбы, препятствовавший работе по приведению в порядок флотилии, и заставить всех перейти к спокойной работе по своей специальности. То обстоятельство, что большинство старших офицеров флота, находившихся во Владивостоке, были знакомы мне или как сослуживцы, или как подчиненные за время германской и гражданской войн, значительно облегчало задачу». Одним из важных нововведений явилось создание рабочего органа – Военного совета, членами которого стали контр-адмиралы В. В. Безуар и В. И. Подъяпольский, генерал-майор А. И. Ухлин, капитаны 1-го ранга А. Н. Пелль, Н. Ю. Фомин, Н. С. Харин, старший лейтенант Г. С. Серебренников. Первое решение Совета Старк объявил в одном из приказов по флотилии:
«1. Флот должен считать, что единственным врагом Российского Государства в данный момент являются коммунисты, посему все находящиеся в Крае национальные силы должны быть направлены на борьбу с ними.
2. Все разногласия, происходящие в среде военно-сухопутного командования и между лицами гражданского управления, способствуют возвращению власти коммунистов и могут повлечь за собой хотя бы временную потерю Края для России, поэтому разногласия эти ни в коем случае не должны отражаться на Флоте, который в междоусобных действиях не должен принимать никакого участия, памятуя, что все чины Флота и Морского Ведомства служат делу Единой России и несут перед ней всю полноту ответственности за честь Андреевского флага и вверенное им имущество».
За короткий промежуток времени благодаря этим и другим мерам адмирала Сибирская флотилия превратилась в боеспособную силу. В октябре 1921 года десантами с кораблей была ликвидирована власть большевиков в Охотске, Гижиге, Петропавловске-Камчатском. Флотилия занималась также борьбой с незаконным ловом рыбы и крабов, патрулировала побережье с целью пресечения контрабанды.
Весной – летом 1922 года в Приморьи начался острый кризис государственной власти – конфликт между Народным Собранием и Правительством, взаимно объявившими друг друга неправомочными. Вооруженные силы также разделились – 2-й и 3-й корпуса генералов В. М. Молчанова и И. С. Смолина поддержали Народное Собрание, а Забайкальские казаки и Сибирская флотилия – правительство Меркуловых. Сам адмирал Старк в момент переворота находился в порту Ольга, все решения о действиях флотилии принимал его начальник Штаба – капитан 1-го ранга Фомин. Матросы флотилии и десантная рота осуществляли охрану дома, где находились члены Правительства, следили за порядком в городе. При этом на открытый конфликт с представителями сторонников парламента начальник Штаба флотилии не шел, признавая власть генерала Молчанова как начальника гарнизона Владивостока. 3 июня в город вернулся адмирал Старк, который полностью одобрил все действия Фомина. Уже на следующий день адмирал был назначен командующим всеми вооруженными силами Приморской области. Это назначение он получил от правительства Меркуловых.