Между тем в командовании корпусом произошли перестановки. 28 августа 1918 года его командующим был назначен Я. Сыровой, произведенный из поручиков сразу в генералы. Бывший разведчик Русской Армии с 1914 года, потерявший глаз в 1917-м в сражении под Зборовом, Сыровой в дни выступления против большевиков показал себя не самым активным из командиров и на столь высокий пост был вознесен, возможно, потому, что был достаточно покладист и устраивал всех, включая и чешских политиков. Ему суждено было в будущем дважды сыграть роковую роль: в 1920 году, когда он выдал на расправу большевикам адмирала А. В. Колчака, и в 1938 году, когда, будучи Главнокомандующим чехословацкой армией, он «повторил свой подвиг», выдав собственную страну на расправу Гитлеру.
По соглашению между русским и чешским руководством командующий чехами одновременно являлся в оперативном отношении Главнокомандующим всеми войсками противо-большевицкого фронта на Урале и в Поволжьи. Разумеется, Сыровой по своей подготовке совершенно не был способен командовать армиями и фронтами. Поэтому вся работа автоматически ложилась на плечи начальника Штаба Чешско-Словацкого корпуса генерала Дитерихса.
Пока же Сыровой и Дитерихс отправились на Уфимское Государственное Совещание, призванное образовать на Востоке России единую государственную власть. 18 сентября 1918 года было достигнуто соглашение о создании Директории, а 24 сентября Верховным Главнокомандующим всеми сухопутными и морскими вооруженными силами России был назначен генерал В. Г. Болдырев. Сразу же после своего назначения он обсуждал с генералами Сыровым и Дитерихсом условия подчинения ему Чешского корпуса. Позднее Болдырев вспоминал:
«Я предлагал Дитерихсу принять то или иное участие в работе. Он отказался, заявив, что не хотел бы отрываться от чехов.
За время нашего совещания Дитерихс усиленно подчеркивал свою близость к чехам. Подчеркивание это было настолько ярким, что вызвало даже мой невольный вопрос: считает ли он себя русским генералом, – на что Дитерихс ответил: “Я прежде всего чешский доброволец”».
А вот каким увидел Дитерихса в это же время полковник К. В. Сахаров:
«Работая вместе с Дитерихсом и под его начальством с 1915 года, я хорошо знал его раньше; и теперь прямо не узнал: генерал постарел, исхудал, осунулся, не было в глазах прежней чистой твердости и уверенности, а ко всему он был одет в неуклюжую и невоенную чешскую форму, без погон, с одним ремнем через плечо и со щитком на левом рукаве…
– “Много пережить пришлось тяжелого”, – сказал мне М. К. Дитерихс. – “Развал армии, работа с Керенским, убийство Духонина почти на моих глазах. Пришлось скрываться от большевиков. Потом работа с чехами”…
Мрачно и почти безнадежно смотрел генерал Дитерихс на предстоящую зиму.
– “Надо уходить за Иртыш”, – было его мнение. – “Вы не можете одновременно формироваться и бить большевиков, да и снабжения нет, а англичане когда-то еще дадут. Чехи”… – он махнул рукой. – “Чехи воевать не будут, развалили их совсем”».
Разумеется, оба автора воспоминаний пристрастны. Болдырев фактически предлагал Дитерихсу предать своего прямого начальника и почему-то обиделся, когда тот отказался. Сахаров же через год занял место Дитерихса, и ему выгодно было представить дело так, будто Михаил Константинович уже в 1918 году разуверился в исходе борьбы и собирался «уходить за Иртыш». Но, кажется, все свидетели согласны в одном: Дитерихс в это время был демонстративно лоялен к чешскому руководству, военному и политическому. Однако похоже, что двойственность собственного положения сильно тяготила его.
С Болдыревым после долгих переговоров удалось добиться соглашения. При этом формула служебных взаимоотношений была сложной и искусственной: Сыровой согласился подчиниться Болдыреву как Верховному Главнокомандующему, но при этом все действующие русские части в оперативном отношении были в свою очередь подчинены Сыровому как Командующему фронтом. Штаб фронта, который русские именовали Западным (по отношению к Омску, новой столице Белой Сибири), а союзники – Восточным (видя в нем восстановленный противо-германский Восточный фронт Первой мировой войны), обосновался в Челябинске. В задачу Дитерихса (как фактического Командующего фронтом) входила координация действий всех оперативных групп. Но резкое изменение политической ситуации не оставило ему возможности серьезно проявить себя на этом посту.
Произошедший через месяц в Омске переворот, провозглашение Верховным Правителем адмирала Колчака, а затем и отвод всех чешских частей в тыл сделали невозможным сохранение прежнего смешанного чехо-русского Верховного командования. В январе 1919 года штаб фронта был расформирован, а все войска объединены в три отдельные армии: Сибирскую, Западную и Оренбургскую.