7 (20) ноября Ленин вызвал Духонина к прямому проводу и повелел ему немедленно обратиться к немцам с предложением о перемирии. Духонин ответил, что не признает произошедшего переворота и что Россия в любом случае связана союзническими обязательствами со своими партнерами по коалиции, а потому он не имеет права вступать в сепаратные переговоры с врагом. В ответ Ленин немедленно объявил о смещении Духонина и назначении на его место Верховным Главнокомандующим большевика прапорщика Н. В. Крыленко. Духонин отказался покинуть свой пост и был объявлен «мятежником» и «врагом трудового народа». Для ликвидации Ставки Крыленко выехал в Могилев во главе эшелона революционных войск.
Перед этой угрозой Ставка оказалась совершенно бессильна. Формально ей подчинялась многомиллионная армия, но все части, через расположение которых проезжал эшелон Крыленко, заявляли о своем «нейтралитете». Огромные толпы солдат, наводнившие Могилев, ревниво следили за каждым шагом Духонина и немногих преданных ему офицеров. Но самое главное – Духонин лично оказался неспособен на решительные действия, у него не хватило характера сплотить вокруг себя все надежное и оказать захватчикам решительное сопротивление. Мы вряд ли можем сейчас осуждать его за это, Духонин с Дитерихсом находились под влиянием одного всепоглощающего страха: что в результате непродуманных действий они своими руками разрушат фронт и откроют дорогу немцам. Поэтому Духонин выбрал другой путь – принести себя в жертву и, если придется, достойно встретить смерть, оставаясь до конца на своем посту. Комиссар Временного Правительства при Ставке В. Б. Станкевич уверял в своих воспоминаниях, что первоначально Духонин собирался уехать и что именно Дитерихс в последний момент отговорил его. Но если учесть, что автомобилем, приготовленным для Духонина и Дитерихса, воспользовался именно Станкевич, его беспристрастность в этом деле по меньшей мере вызовет сомнения. Так или иначе, но единственным «мятежным» действием Духонина был своевременный приказ об освобождении из-под стражи арестованного генерала Л. Г. Корнилова и его соратников.
Между тем Крыленко, опасаясь возможного сопротивления, заранее распалял «праведный гнев» своих приспешников против «мятежника» Духонина. Утром 20 ноября (3 декабря) советский эшелон прибыл на могилевский вокзал. Никакого сопротивления оказано не было. Матросы арестовали Духонина, но когда они вели его к вагону Крыленко, все их тайные страхи вышли наружу взрывом слепой беспричинной ярости. Обезумевшая толпа буквально растерзала Духонина у самых дверей вагона нового «Главковерха», а Крыленко, напуганный результатами своей же агитации, побоялся вмешаться в этот самосуд, сделав вид, что ничего не видел и не слышал.
Потом, разумеется, эта дикая расправа была представлена «выражением праведного гнева народа» и была поставлена в заслугу как подстрекателям, так и исполнителям. В течение Гражданской войны в стане красных бытовала гнусная присказка «отправить в штаб к Духонину», что означало убить, расстрелять. И можно не сомневаться, что в тот трагический день матросы не собирались ограничиться лишь одной жертвой, а намеревались «отправить в штаб к Духонину» в первую очередь его начальника Штаба генерала Дитерихса, которого усиленно искали, но так и не нашли.
Михаилу Константиновичу удалось в самый последний момент укрыться во французской военной миссии, и затем, переодевшись во французскую форму, выехать в составе этой миссии в Киев. Там Дитерихс присоединился к Штабу завершавшего формирование Чешско-Словацкого корпуса, и приказом по корпусу от 26 января 1918 года был назначен начальником его Штаба.
К концу мая 1918 года, когда по Транссибирской магистрали началось повсеместное выступление чехословацких частей, генерал Дитерихс находился уже во Владивостоке. Там он возглавлял «Владивостокскую группу Чехо-войск», составлявшую до 14 000 человек. Эта группа первой прибыла во Владивосток и теперь ожидала транспортов для отправки на Западный фронт. Она находилась в совершенно ином положении, нежели остальные войска, задержанные местными Советами в Поволжьи, на Урале и в Сибири. Здесь на рейде стояли корабли Антанты; еще 5 апреля Япония, под предлогом защиты интересов своих подданных, высадила в порту небольшой десант. Большевицкий Совет во Владивостоке продолжал функционировать, но должен был действовать с постоянной оглядкой на союзников, и в городе сохранялось положение неустойчивого равновесия. Всей полнотой власти над чешскими войсками обладала «Владивостокская коллегия» из находившихся в городе представителей Отделения Чешско-Словацкого Национального Совета в России. Михаилу Константиновичу в этих обстоятельствах не оставалось ничего другого, как только проявлять лояльность по отношению к чешскому политическому руководству и представителям союзников.