Но шкуринцев постепенно стала поражать та же болезнь, которая коснулась и многих казачьих частей на фронте. После продолжавшихся почти три месяца боев многие бойцы решили, что теперь уже нет серьезных оснований бояться красных, и под самыми разными предлогами стали отпрашиваться в отпуска на Кубань и Терек. К тому же до казаков доходили невнятные слухи о конфликте Кубанской Рады с командованием Вооруженных Сил Юга России, что не способствовало популярности среди казаков идеи борьбы за Единую Россию.
В результате отпусков и самовольных отлучек, а также тяжелых потерь на фронте численность корпуса уменьшилась к началу октября 1919 года до 2500 - 3000 шашек. А в это время по всей линии фронта разворачивалось генеральное сражение. В соответствии с планами нового командующего советским Южным фронтом А. И. Егорова, наступавшая на Тулу и Москву группировка 1-го армейского корпуса генерала Кутепова должна была быть срезана у флангов общими ударами Латышской и Эстонской дивизий со стороны Брянска и свежего конного корпуса С. М. Буденного со стороны Воронежа. Перспективы «похода на Москву» ставились под вопрос. Шкуро рассказывал впоследствии: «...Становилось ясным, что ввиду ослабления численности нашей конницы и ожидавшегося появления кавалерии Буденного нужно было или бросаться рейдом на Москву, чтобы уже затем привести в порядок подбодренную успехом армию и доколотить затем обескураженные остатки красной армии, или же, собрав в кулак всю наличную конницу, в том числе и донскую, бросить ее на Буденного и уничтожить его, прежде чем он успеет втянуть свои неопытные части в работу и сделается опасным для нас...»
15-тысячная конная группа Буденного, состоящая из трех дивизий, вскоре появилась на фронте перед ослабленными корпусами Мамантова и Шкуро. В это же время в тылу Вооруженных Сил Юга России развернулось широкое повстанческое движение. С новой силой вспыхнула «махновщина». От Шкуро потребовали незамедлительного выделения из рядов своего корпуса 1-й Терской дивизии и ее срочной отправки на борьбу с Махно, который в это время уже стал угрожать Ставке. В сложившихся условиях Шкуро заявил о готовности оставить Воронеж, поскольку противостоять отдохнувшим, полнокровным буденновским дивизиям было невозможно.
Директивы Штаба Добровольческой Армии и Ставки Главнокомандующего Вооруженными Силами Юга России противоречили друг другу. Кутепов просил Шкуро ни в коем случае не оставлять Воронеж, поскольку в этом случае откроется его правый фланг и полки не смогут удержать превосходящее давление красных и отступят к Курску. Командующий Донской Армией генерал В. И. Сидорин, напротив, требовал перевода корпуса на прикрытие железнодорожной станции Лиски. В этой обстановке, не желая быть заложником в «телеграммной войне» между штабами, Шкуро даже подал рапорты о своей отставке командующему Добровольческой Армией Май-Маевскому и самому Деникину, однако они были отклонены, и Шкуро получил приказ защищать Воронеж всеми наличными силами.
В это время на Кубани произошли события, существенным образом повлиявшие на дальнейший ход Белой борьбы на Юге России. Ставка, и раньше с большой долей подозрительности относившаяся к «самостийничеству» ряда депутатов Кубанской Рады, решилась на серьезные шаги. Терпение Деникина переполнил факт заключения в Париже между делегацией депутатов Рады (Л. Л. Бычом, А. И. Калабуховым и др.), с одной стороны, и так называемым «Меджлисом» горских народов Кавказа — с другой, сепаратного договора. Поскольку Деникин не признавал самостоятельной Горской Республики и ее органов власти, то переговоры с врагами Белого движения, тем более - от имени якобы «независимого» Кубанского государства, считались равносильными государственной измене. Под этим предлогом, получив санкции Деникина, командующий Кавказской Армией генерал Врангель ввел в Екатеринодар верные ему войска под командованием давнего и непримиримого врага «самостийников» генерала Покровского, арестовал двенадцать депутатов Рады и казнил А. И. Калабухова. В результате этого «кубанского действа» Атаман Филимонов заявил о своей отставке, а краевая конституция была изменена в сторону усиления исполнительной власти (теперь Атаман, которым был избран генерал Н. М. Успенский, получал право роспуска Краевой Рады).
Казалось бы, «умиротворение» Кубани достигнуто. Но немалая часть казачества увидела в этом насилие над своими традиционными привилегиями, пренебрежение самостоятельностью края. Симпатии к Белому движению резко упали, и у Кубанцев появился существенный повод к оправданию своего нежелания воевать в Центральной России. Теперь вместо надежного тыла Кубань стала центром «казачьего сепаратизма».