Так или иначе, отказ Шкуро, а затем категорический отказ Терского Атамана генерала Г. А. Вдовенко поддержать планы Врангеля отразились на последующей карьере 32-летнего «генерала-партизана». Накануне нового, 1920 года Шкуро получил высшую должность за время всей своей службы — был назначен командующим Кубанской Армией (основой для ее формирования должны были стать полки бывшей Кавказской Армии, сильно поредевшие после осенних боев 1919 года). На назначение Шкуро также повлиял и тот факт, что для получения пополнений с Кубани был необходим призыв авторитетного военачальника, за которым пошли бы казаки.
Приказ о назначении был подписан Деникиным незадолго до сдачи Ростова и Новочеркасска - 29 декабря 1919 года. 18 января 1920 года в развитие приказа Главкома был издан приказ № 45 по Кубанскому Казачьему Войску: «На основании статей 37 и 41 основных законов Кубанского Края и по соглашению с Главнокомандующим генерал-лейтенант А. Г. Шкуро назначен Командующим Кубанской Армией».
Должность начальника Штаба Кубанской Армии получил опытный генштабист, в мировую войну — бывший генерал-квартирмейстер Штаба VIII-й армии, а в конце 1917 года - Главнокомандующий Юго-Западным фронтом, генерал Н. Н. Стогов. Будучи некоторое время начальником Всероссийского Главного Штаба у большевиков, генерал Стогов одновременно с этим активно участвовал в подпольной деятельности московского «Национального Центра», возглавляя тщательно законспирированную «Добровольческую Армию Московского района», и после разгрома «Центра» чекистами сумел скрыться и пробраться на Юг России. Генерал-квартирмейстером Штаба Кубанской Армии был назначен полковник К. Г. Булгаков.
Шкуро снова отправился поднимать станицы, взывая к патриотическому подъему кубанского казачества, публикуя гневные воззвания: «Смертельный кровавый враг наш угрожает раздавить Дон и переброситься на Кубань. Главнокомандующий даст сокрушительный отпор врагу, но для этого нужна помощь всех... Подымайся, Кубань! Бейте в колокола, и пусть мощный гул их по станицам и хуторам пробудит геройский казачий дух для решительной, несомненно победной последней схватки... Старики, покажите пример молодым - идите вперед! Трусы и дезертиры пойдут за Вами... Решается судьба русских армий. Решается судьба Казачества...» Вместе со Шкуро поднимать станицы отправились и делегаты Кубанской Рады. В приказе Войскового Атамана генерала Букретова (сменившего скончавшегося от тифа Успенского) говорилось: «Счастлив объявить Кубанскому Краю, что Кубанская армия образована и сейчас спешно пополняется конными, пластунами и иногородними. С 26 января в состав Кубанской армии включены все части упраздненной Кавказской армии и во главе Кубанской армии поставлен мною генерал-лейтенант Шкуро... Пополнения и вновь формируемые Кубанские части постепенно выступают на фронт. Приказываю всем остальным полкам, пополняющимся в Крае, выступить без задержек, для чего начальствующим лицам позаботиться о спешной подаче подвижных составов...»
Однако ожидания Шкуро относительно быстрых пополнений Кубанской Армии оправдались лишь частично. Кубанский край был истощен многочисленными мобилизациями, и рассчитывать приходилось только на молодых призывников-новобранцев. Испытанные кадры погибли в боях, а многочисленные дезертиры ни при каких обстоятельствах не собирались снова брать в руки оружие. Тем не менее к концу января удалось довести до штатной численности полки 2-го Кубанского корпуса, который предполагалось сделать ударным резервом, аналогичным 4-му Донскому корпусу. Кубанские полки получили новых лошадей, обмундирование, пополнили запасы оружия. В конце января Шкуро произвел смотр корпусу и нашел, что он «представился в блестящем боевом порядке и можно смело сказать, что он является гордостью Кубани». Корпус под началом генерала В. Г. Науменко выступил на Манычский фронт. Под личный контроль взял Шкуро организацию 3-го Кубанского корпуса, получавшего пополнения из Баталпашинского отдела.
Директивой Ставки от 26 января 1920 года генералу Шкуро предписывалось: «прочно обеспечивая Ставропольское направление, разбить 10-ю советскую армию». В развитие этой директивы Шкуро издал приказ о нанесении концентрированного удара по прорвавшейся красной коннице Буденного. Предполагалось, что 2-й Кубанский корпус очистит от красных левый берег Маныча и перейдет вместе с полками 4-го Донского корпуса в контрнаступление с глубоким охватом левого фланга красного фронта. Кубанские пластуны, сведенные в 1-й Кубанский корпус, должны были отразить атаки буденновской конницы в районе станции Великокняжеской.