Переворот совершился в ночь с воскресенья 17-го на понедельник 18 ноября арестом Авксентьева, Зензинова и Роговского. В 4 часа утра дежурный ординарец поднял Колчака с постели к телефону. Вологодский сообщил об аресте двух членов Директории и их коллеги по партии Аргунова, сказал, что немедленно созывает Совет министров, и просил адмирала прибыть на экстренное заседание.
На заседании Вологодский проинформировал собравшихся, что арест членов Всероссийского Правительства был произведён на квартире Роговского, дом которого был оцеплен усиленным разъездом 1-го Сибирского казачьего полка, партизанским отрядом Красильникова и ещё несколькими конными частями. Боевую дружину Роговского разоружила одна казачья часть, не арестовав никого из дружинников, поскольку они не оказали сопротивления. Неизвестной пока оставалась судьба арестованных.
Развернулись оживлённые прения. Факт свержения Директории был признан всеми. Она оказалась скомпрометированной и ненужной. Страсти разгорелись по вопросу о форме власти: быть ли правительству гражданским или власть должна перейти к диктатору. Вопрос нужно было решать немедленно, так как из-за безвластия в городе могли начаться беспорядки. Большинство присутствующих склонялись к мысли о необходимости диктатуры. Кандидатами в диктаторы были названы генералы Болдырев и Хорват и адмирал Колчак.
Военный министр Колчак сказал, что он видит в роли диктатора скорее Болдырева. После его слов началось обсуждение кандидатур. Адмирала при этом попросили удалиться как единственного из кандидатов, находившегося в Омске в данный момент.
После обсуждения кандидатуры Болдырева и Хорвата были отвергнуты. С последним кандидатом - Колчаком - мало кто из министров общался лично, но мощную поддержку ему оказали присутствующие здесь же морские офицеры, рассказав о его боевых заслугах перед Родиной. В итоге Совет министров объявил адмиралу об избрании его Верховным Правителем России (титул был утверждён тогда же) с назначением его Верховным Главнокомандующим всеми сухопутными и морскими силами. Колчак первоначально предложил ограничить свои полномочия лишь исполнением должности Верховного Главнокомандующего, на что ему было замечено, что от него хотят большего - осуществления твёрдой и устойчивой верховной власти.
После короткого обсуждения Совет министров принял постановление в следующей редакции: верховную власть, взятую на себя после распавшейся Директории, Правительство передаёт в руки Александра Васильевича Колчака, именуемого впредь Верховным Правителем России и Верховным Главнокомандующим. Постановление приняли единогласно. После поздравлений Колчак поблагодарил Совет министров и выразил уверенность в том, «что общими дружными усилиями, вместе с нашей доблестной армией мы одолеем врага, возродим нашу матушку-Россию и восстановим в ней законность и порядок».
Затем Верховный Правитель, по просьбе премьер-министра, приказал полковнику Сыромятникову освободить из-под стражи Авксентьева, Зензинова, Роговского и эсеров Аргунова и Ракова и разместить их под строжайшей охраной по квартирам. Потом Колчак направился в Штаб Главнокомандующего, чтобы сделать необходимые распоряжения по войскам, а министрам предложил разработать положение о взаимоотношениях Верховного Правителя и Совета министров.
Во второй половине дня состоялось заседание Совета министров, на котором заявили о своём выходе из состава правительства Вологодский и его помощник Виноградов, причём последний сказал, что не верит в благо, которое может принести новая власть. Его и не стали уговаривать остаться членом кабинета; с большим трудом и во многом благодаря лично Колчаку удалось убедить изменить своё решение Вологодского. Александр Васильевич ознакомил министров со своими первыми распоряжениями по вооружённым силам, потом были коллективно рассмотрены первые наброски к документу о взаимоотношениях Верховного Правителя и Совета министров. Для проведения внешней политики, поддержания постоянной связи с иностранными представителями и решения некоторых других вопросов адмиралу придавался рабочий аппарат из пяти человек, так называемый «совет Верховного Правителя». В конце заседания кабинет министров принял три постановления: о государственном перевороте, об отдаче под суд трёх непосредственных руководителей ареста членов Директории и о производстве вице-адмирала Колчака в адмиралы.
В течение того же дня 18 ноября из Омска во все концы Сибири и Европейской России полетели сообщения с текстом постановления Совета министров: «Ввиду тяжёлого положения государства и необходимости сосредоточить всю полноту верховной власти в одних руках, Совет министров постановил передать временно осуществление верховной государственной власти адмиралу Колчаку, присвоив ему наименование Верховного правителя». В тот же день было опубликовано и обращение Верховного Правителя к населению: