В конце декабря Колчак получил телеграмму от бывшего министра иностранных дел С. Д. Сазонова, ставшего теперь послом Омска в Париже. От имени «Русского политического совещания» в Париже, объединявшего бывших русских послов, членов «Национального центра» и «Союза возрождения» (коалиционные правоцентристские политические организации), видных представителей политических и деловых кругов дореволюционной России, в ней сообщалось: «Признаем верховную власть, принятую Вашим превосходительством, в уверенности, что Вы солидарны с основными началами политической и военной программы Добровольческой армии».
В первые же дни после своего вступления в должность Верховному Правителю необходимо было решить два вопроса: как наказать участников переворота - казаков - и что делать с арестованными членами Директории. В итоге «переворотчики» были секретным приказом произведены в следующий чин: полковник Волков стал генерал-майором, а войсковые старшины Красильников и Катанаев - полковниками. Назначенный над ними суд, состоявшийся 21 ноября, полностью оправдал их, вскрыв при этом массу неприглядных фактов, связанных с деятельностью Директории. Те же из членов последней, кто не признал власть Колчака, были отправлены под английским конвоем во Владивосток, откуда они затем уехали за границу. Предварительно каждому из них было выдано по 75-100 тысяч рублей.
Отбитый у большевиков чехами и белогвардейцами ещё в августе 1918 года в Казани золотой запас Российской Империи позволял Колчаку осуществлять крупные закупки оружия и военного снаряжения у союзников. Генерал Нокс, руководивший по поручению стран Антанты военным снабжением русских войск в Сибири, в это время находился во Владивостоке, обеспечивая приёмку прибывающих военных грузов и доставку их по назначению. Заботясь о первоочередном снабжении частей Екатеринбургского фронта, Колчак пытался связаться по прямому проводу с Ноксом, чтобы тот ускорил доставку снарядов и патронов. Но связь была прервана, и подозрение пало на Атамана Семёнова, что ещё больше обострило упомянутый выше конфликт (связь, впрочем, вскоре была восстановлена, а вину Атамана так и не смогли доказать даже его недоброжелатели).
27 ноября генерал Болдырев, по собственному прошению, был освобождён от должности Верховного Главнокомандующего. Колчак предлагал ему на выбор любую должность, кроме Верховного Главнокомандующего, но тот отказался и через несколько дней выехал в Японию. Теперь адмирал окончательно принял на себя и верховное командование войсками.
Достигнутые в декабре 1918 года первые боевые успехи на Урале окрылили омское Правительство и его союзников, вселили надежду на осуществление далеко идущих замыслов. Но оставалась и масса проблем - в первую очередь материально-техническое обеспечение действующих войск и подготовка для них армейских резервов, причём особенно остро ощущалась нехватка патронов и снарядов. Несмотря на старания Нокса, грузы из Европы из-за дальности расстояния продвигались крайне медленно. Колчаковское правительство по дипломатическим каналам обратилось с заказом на снаряды и патроны к Японии. Непростой оказалась и подготовка людских резервов для фронта, необходимость в которых возрастала по мере потери чехословацкими частями боеспособности. Началась ускоренная подготовка офицерских кадров на Русском острове близ Владивостока, в чём немалую помощь оказали английские инструкторы (так называемая «школа Нокса»).
Круг забот Верховного Правителя, конечно, не ограничивался военными проблемами. Гражданское управление ложилось на десять министров, объединённых в Совет во главе с председателем Вологодским (генерал Жанен записывал в дневнике: «Любопытная вещь - перманентность министров: они работали с Директорией, работают с адмиралом, который опрокинул Директорию»). Колчак, однако, не только утверждал все важные постановления Совета министров, но нередко и сам принимал участие в законотворчестве.
В одном из писем Александр Васильевич писал: «Моя цель первая и основная - стереть большевизм и всё с ним связанное с лица России, истребить и уничтожить его. В сущности говоря, всё остальное, что я делаю, подчиняется этому положению». Слова эти подразумевали прежде всего разгром советской системы, коммунистической партии. А сделать это можно было, помимо чисто военных мероприятий, прежде всего путём проведения последовательных реформ, которые позволили бы решить основные внутриполитические вопросы. Как же они решались в период существования Всероссийского Правительства Колчака?