Со стороны «Читинской партии» самым агрессивным действием этого времени следует считать выпуск в начале 1919 года анонимной брошюры «Адмирал Колчак и Атаман Семёнов» с грубыми выпадами против Верховного Правителя и призывом: «Долой его! Сам Колчак - это олицетворение честолюбия - добровольно не уйдёт, нужно его убрать», - хотя никаких реальных попыток в этом направлении предпринято не было. Попробовал Атаман, наконец, заручиться поддержкой выдвигаемого им в Верховные генерала Деникина, но в Екатеринодаре готовились к официальному признанию Колчака Верховным Правителем России (соответствующий приказ Деникина был издан 12 июня 1919 года) и поддерживать «мятежника» не собирались.
«Омская партия» вела себя гораздо активнее. В начале февраля 1919 года была создана специальная «Чрезвычайная Следственная Комиссия для расследования действий полковника Семёнова и подчинённых ему лиц», выехавшая в Читу и проработавшая там не менее двух месяцев. Члены комиссии неоднократно жаловались на чинимые им препятствия, однако наряду с этим они получили и довольно широкие возможности для опроса свидетелей, сбора документов и формулирования ряда нелицеприятных заключений, - так и не найдя, впрочем, подтверждений основным обвинениям в адрес Атамана. Некоторые шаги, надо сказать, были предприняты Омском и не дожидаясь каких-либо заключений.
Позицию Колчака в этом конфликте принято характеризовать как слабую и едва ли не униженную перед «нахрапистым забайкальским соловьём-разбойником» и его «японскими покровителями»; по-видимому, так же оценивал её и сам Верховный Правитель. С другой стороны, можно ли посчитать «слабой» власть, которая в пылу борьбы позволяла себе
Время шло, и всё яснее становилось, что конфликт изжил себя. У Атамана не оставалось другого выхода, кроме официального признания Верховного Правителя, у адмирала - кроме формальной реабилитации своего «оппонента»; в этом же направлении неустанно работали генералы Хорват и Иванов-Ринов. Потепление, которое, как и полагается, наступило весной, даже повлекло избрание Семёнова Походным Атаманом его родного Забайкальского Войска. Усиление «семёновской партии» привело и к тому, что на собравшемся Войсковом Круге Григорий Михайлович был 9 июня 1919 года большинством почти в три четверти голосов избран Забайкальским Войсковым Атаманом. Не дождавшись отмены приказа № 61, он 27 мая «заранее выразил свою готовность подчиниться правительству, возглавляемому Верх[овным] Прав[ителем] адм[иралом] Колчак[ом]».
Скорее всего, Семёнов имел сведения о готовившейся реабилитации, хотя оформивший её приказ Верховного получил уже после цитированной телеграммы. Редакция приказа, однако, наглядно показала, что на уступки во имя общего дела пошёл действительно Атаман, а отнюдь не Колчак. «Ознакомившись с материалом следственной комиссии по делу Полковника Семёнова и не найдя в деяниях названного штаб-офицера состава Государственной измены, приказ мой от 1-го декабря 1918 года за № 61 - отменяю», - писал адмирал, фактически совершая новую несправедливость, ибо такая формулировка подразумевала, что инкриминировавшееся Атаману «нарушение телеграфной связи и сообщений в тылу армии» имело место (а этого не сумел доказать никто из его противников), но заключала в себе не измену, а что-нибудь другое (мелкое хулиганство?). Не лучше был и второй параграф приказа, низводивший Григория Михайловича с должности командующего Отдельной Армией на роль командующего неотдельным (в составе Дальневосточного военного округа) корпусом, в который переформировывалась Восточно-Сибирская Армия, - и тем самым не только наносивший удар по самолюбию, но и существенно урезавший административные и дисциплинарные права Семёнова. Итак, в дни, когда на главном фронте захлёбывалось весеннее наступление, в тылу адмирал одержал политическую победу: Семёнов делал уступку за уступкой.
Впрочем, и подчиняясь, и уступая, он всё равно оставался самим собой.