Со своей стороны Гайда заявил, что он не будет принимать непосредственного участия в перевороте, а впоследствии в воспоминаниях так излагал свою тогдашнюю позицию: «Я чехословацкий генерал, - сказал я. - И потому я не имею права вмешиваться во внутренние дела страны, но что касается подчинённых мне русских войск, то обещаю вам, что вся моя армия останется нейтральной... Я в её пределах не допущу вести агитацию ни за диктатуру, ни против. Моя поддержка будет заключаться в том, что я не буду препятствовать офицерам и солдатам признать вас диктатором...»
Именно такая позиция доброжелательного нейтралитета на фронте была необходима для свершения переворота. В этом отношении обещание Гайды стоило очень дорого, и Колчак, придя к власти, сполна расплатился за это.
Дело в том, что положение самого Гайды в этот момент было весьма шатким. Его наступательный агрессивный настрой шёл совершенно вразрез с тенденциями командного и рядового состава чешского корпуса. В это же время политическое руководство из Отделения ЧСНС в России вновь прибирало к рукам власть в корпусе, активно используя распространявшиеся среди легионеров упадочнические настроения. И мятежный Гайда в этом отношении был для политиков из «Отбочки», как кость в горле.
Особенно же активизировались все интриги в конце ноября, когда пришли известия о том, что мировая война закончилась и Чехословакия получила долгожданную независимость. В Сибирь прибыл военный министр новой Чехо-Словацкой Республики генерал М. Штефанек. 5 декабря он приехал в Челябинск, и среди многих организационных вопросов, немедленно вставших перед министром, был и вопрос о Гайде. Стало ясно, что конфликт зашёл уже слишком далеко и места для Гайды среди командования корпуса больше нет. И Штефанек, под давлением политического руководства корпуса, решил убрать Гайду из Сибири, предложив ему «почётную командировку» в Париж, - а это Гайду совершенно не устраивало.
Вот тут и вмешался адмирал Колчак. Ему удалось уговорить Штефанека разрешить Гайде перейти временно в Русскую Армию тем же чином, оставляя его в прежней должности. Впрочем, у Колчака была веская причина, чтобы добиваться сохранения Гайды в роли одного из ведущих своих полководцев: в эти дни войска Екатеринбургской группы одержали блистательную победу - освободили город Пермь.
Идея Пермской операции зародилась у Гайды после получения известий о скором прибытии существенных подкреплений - 1-го Средне-Сибирского корпуса генерала Пепеляева. Части корпуса, первые из которых прибыли на фронт к 28 октября, представляли собой внушительную силу и обладали прекрасными боевыми качествами, так что, естественно, Гайда решил сосредоточить их все на одном направлении и использовать для мощного наступления с решающими целями. Операция началась 27 ноября. В тяжёлых боях, передвигаясь на лыжах или по колено в снегу, войска генералов Пепеляева, Вержбицкого, Голицына при содействии 2-й Чешско-Словацкой дивизии (от которой, благодаря усиленной агитации, было получено торжественное обещание участвовать в общем наступлении вплоть до Кунгура, после чего она немедленно выводилась в тыл) не только выполнили первоначальную задачу по освобождению Кунгура и Кушвы, но, развивая успех, на Рождество 1918 года взяли Пермь. Защитники города были деморализованы выступлениями нескольких офицерских организаций, сдававших белым целые войсковые части с артиллерией и окончательно разрушивших красный фронт.
Добыча, попавшая в руки победителей, была огромна. Только в одной Перми были взяты: 21 000 пленных, 5 000 вагонов, 60 орудий, 100 пулемётов, несколько бронепоездов, вмерзшие в лёд у пристани корабли красной военной флотилии и масса другого военного снаряжения. Главные герои наступления - корпус генерала Пепеляева - потеряли при этом убитыми, ранеными и обмороженными 494 офицера и до 5 000 солдат. Но результаты операции окупали эти потери сторицей: советская 3-я армия была полностью разгромлена, и для её восстановления собирались резервы со всей Советской Республики. Одновременно в Штаб армии срочно прибыла комиссия ЦК РКП (б) во главе со Сталиным и Дзержинским, чтобы вскрыть причины падения Перми и, как водится, жестоко покарать виновных или тех, кто будет сочтён ими. А тем временем части Гайды, не задерживаясь, выдвинулись вперёд на 50 вёрст от города и закрепились на достигнутых позициях. И только тут красное командование, несколько опомнившись, предприняло отчаянные попытки перейти в наступление и вернуть Пермь обратно. Кровопролитные бои с превосходящим противником длились весь январь и февраль и завершились лишь тем, что красные положили зазря все свои резервы, не добившись серьёзного успеха.
24 декабря 1918 года Екатеринбургская группа в ходе общей реорганизации вооружённых сил была переименована в Сибирскую Армию (второго состава), и Гайда возглавил её, уже как генерал русской службы. За победу под Пермью Гайда и Пепеляев были произведены в генерал-лейтенанты.