Почему Владимир Оскарович сделал это, остаётся невыясненным до сих пор. Возможно, справедливы данные о том, что его жена была взята чекистами заложницей. А может быть, напротив, Каппель принадлежал к одной из тайных антибольшевицких организаций и поступил в советский штаб по её заданию... Впрочем, службу в Красной Армии все чины Штаба Поволжского военного округа обусловили своим неучастием в разгоравшейся междоусобной войне. Однако вскоре им пришлось убедиться, как мало стоят все обещания Советской власти: в конце мая офицеров, невзирая на их протесты и угрожая расправой, начали отправлять на «внутренние» фронты - против Атамана А. И. Дутова или восставшего Чешско-Словацкого корпуса. Так что, сложись все хоть немного иначе, Каппеля, благодаря блестяще налаженному у красных репрессивному аппарату, возможно, смогли бы заставить и воевать против его товарищей по оружию. Но всё изменилось благодаря быстрым успехам чехов.
На рассвете 8 июня 1918 года Самара была освобождена Поволжской группой войск Чешско-Словацкого корпуса во главе с поручиком С. Чечеком (несколькими днями спустя произведённым в полковники). Большевики в панике бежали без малейшего намёка на нормальную планомерную эвакуацию. Власть в городе немедленно взяла в свои руки находившаяся в Самаре группа членов разогнанного Советской властью Учредительного Собрания: Вольский, Брушвит, Климушкин, Фортунатов, Боголюбов - все члены партии эсеров. Они назвали свой орган Комитетом членов Всероссийского Учредительного Собрания (сокращённо - Комуч) и претендовали на то, что являются единственной в России законной властью. По своим политическим воззрениям эта новая власть была крайне левой, «розовой», чем импонировала «демократическому» чешскому руководству.
Однако, несмотря на декларированный всероссийский размах, перспективы Комуча даже в Самаре оставались весьма неопределёнными. Чехи не собирались задерживаться здесь надолго: их главной задачей было расчистить себе путь по Транссибирской магистрали на Владивосток, откуда Антанта обещала переправить их морем на родину. Соответственно, чехи не хотели связывать себя внутри России никакими конкретными обязательствами. Чечек направил главные силы своей группы далее на Уфу и лишь соглашался временно оставить для обороны Самары чешский батальон, но с непременным условием: чтобы в помощь ему были выставлены по крайне мере равноценные местные русские силы. Таким образом, вопрос о формировании собственных войск становился для Комуча вопросом жизни и смерти.
И о создании этих вооружённых сил, получивших название Народной Армии Комуча, было объявлено уже в день освобождения города. Первыми кадрами для её частей послужила подпольная офицерская организация Самары во главе с подполковником Н. А. Галкиным. Он же и был назначен начальником Главного Штаба Народной Армии. Но эсеровское правительство не доверяло русским офицерам, которых само же и призвало себе на защиту: в помощь, а фактически - для контроля за Галкиным Комуч выделил на должности членов Главного Штаба двух своих\людей - Фортунатова и Боголюбова (последнего вскоре сменил на этом посту бывший лейтенант французской службы, видный эсер В. И. Лебедев). Несомненно, этот «Штаб из трёх лиц» представлял из себя ненормальное явление, и отсутствие единого ответственного руководителя не могло не сказываться отрицательно на строительстве вооружённых сил. К счастью, такое положение до некоторой степени смягчалось тем, что Лебедев и Фортунатов лично были честными людьми, понимали всю опасность положения и старались не ставить палки в колеса военным.
Штаб Поволжского военного округа остался в городе, и 9 июня большая группа офицеров Штаба добровольно вступила в ряды Народной Армии Комуча, заняв места в формируемом её Главном Штабе. Среди них были и Генерального Штаба подполковники П. П. Петров и В. О. Каппель. Подполковник Петров получил должность начальника Оперативного отдела, а Каппель стал его ближайшим помощником. Однако фактически на этом посту Владимир Оскарович оставался не более суток.