Генерал Дитерихс понимал, что с поредевшими и уставшими войсками немедленно остановить наступление красных невозможно, а потому все надежды возлагал на подготовку свежих сил в глубоком тылу. Но реализация этого плана фактически означала отказ от упорной обороны Омска, что вызвало резкие возражения Верховного Правителя, настаивавшего на безусловной защите своей столицы. В результате Колчак 4 ноября сместил Дитерихса, заменив его К. В. Сахаровым, вместо которого командующим «Московской группой армий» (так с 12 октября именовались объединённые 3-я армия и Степная группа) 5 ноября 1919 года был назначен генерал Каппель, передавший, в свою очередь, командование Волжской группой генералу Имшенецкому. По-видимому, в конце ноября Владимир Оскарович был произведён в генерал-лейтенанты.
Все эти перестановки, конечно, не могли изменить положения несчастной армии, поспешно отходившей к Иртышу. А здесь её поджидала новая опасность: из-за сильной оттепели Иртыш, вопреки обыкновению, никак не хотел замерзать. Он отрезал пути отхода белым войскам - единственной переправой через реку оставался железнодорожный мост у станции Куломзино.
В эти дни в Штаб Каппеля вернулся, едва оправившись от тифа, подполковник Вырыпаев. Вот какую безрадостную картину увидел он из штабного вагона, стоявшего на станции Куломзино:
Мороз грянул лишь в ночь на 10 ноября. Иртыш стал, и отступающая армия сумела перебраться на другой берег. Но об обороне города никто уже всерьёз не думал. Омск был оставлен 14 ноября чрезвычайно поспешно, и в нём были брошены огромные запасы военного имущества, необходимого для армии. Это произвело на войска очень тяжёлое впечатление.
Но ещё более тяжёлые последствия имело то обстоятельство, что Транссибирская железнодорожная магистраль в тот момент находилась под контролем союзного Чешско-Словацкого корпуса. Накануне сдачи Омска был опубликован меморандум - обращение чешского командования к союзным державам, в котором чехи объявляли, что снимают с себя все обязательства перед Россией и будут организовывать эвакуацию по железной дороге лишь сообразуясь с нуждами собственных войск. Своё заявление чешское командование тут же и начало претворять в жизнь, пропуская на восток только свои эшелоны и многочисленные составы с «благоприобретенным имуществом» и задерживая западнее станции Тайга все русские поезда.
Эти действия «союзников» превратили неудачи на фронте в катастрофу для всего Белого движения в Сибири, поскольку зимой, в малонаселённых местах, среди тайги и бездорожья, единственной надёжной коммуникационной линией для войск оставалась Транссибирская магистраль, и от её бесперебойной работы зависела боеспособность армии. Теперь же русская армия оказалась разом отрезанной от тыла и лишилась возможности своевременно получать боеприпасы и эвакуировать раненых.
В дополнение к перечисленным бедам, к началу декабря выявилась также и ненадёжность в моральном отношении полков 1-й армии, пополнявшихся в Ново-Николаевске, Томске, Красноярске и других городах Сибири. Боеспособность войск быстро падала, люди теряли веру в возможность дальнейшего сопротивления. В частях раздавались заявления, что пора-де кончать войну, что большевики тоже люди, и с ними тоже можно договориться или, по крайней мере, выторговать себе жизнь. Подобные химеры захватили не только рядовой состав армии, но проникли и в среду его руководства, вызывая многочисленные случаи неподчинения начальству и даже открытые бунты.