Весной 1918 года отряд войскового старшины Бориса Анненкова уже представлял собой значительную силу антибольшевистского подполья в Сибири. Когда начался мятеж Чехословацкого корпуса, анненковцы активно поддержали белочехов. К тому времени численность белоказачьего отряда уже доходила до тысячи человек.
Анненков признал омское Временное Сибирское правительство. Белоказачий отряд (Партизанская дивизия) включается в состав 3-го Уральского армейского корпуса Сибирской армии. Он принимает в сентябре – октябре 1918 года участие в боях с красногвардейскими частями В. К. Блюхера и Н. Д. Каширина.
После взятия города Троицка Анненков сформировал отряд в составе четырех полков, артиллерийского дивизиона и несколько вспомогательных подразделений. По решению казачьего круга производится в полковники. На Уральском фронте анненковцы пробыли до октября 1918 года.
По приказу военного министра омского правительства генерала П. П. Иванова-Ринова анненковские части, снятые с фронта, приняли участие в подавлении крестьянского восстания на Алтае, в степном Славгородском уезде. Сводный карательный отряд состоял из двух стрелковых рот, двух казачьих сотен, эскадрона черных гусар и артиллерийской батареи. Всего: 497 штыков, около 200 шашек, 5 орудий, 8 пулеметов.
15 сентября дивизия Анненкова заняла Славгород, в котором каратели учинили массовые экзекуции противников власти, расстреливая местных большевиков и повстанцев. Всего в ходе подавления Славгородского восстания было убито 1667 человек. В уезде белые реквизировали почти две тысячи винтовок и призвано в армию 11 тысяч человек. Многие из них пополнили анненковские части и «вплоть до краха колчаковщины служили вполне исправно».
После подавления Славгородского восстания отряд получает имя атамана Анненкова. Его состав: 1230 штыков, 750 шашек, 12 орудий и 16 пулеметов. Отряд направляется в город Семипалатинск на переформирование и получение солидного пополнения. Анненков руководит созданием шести полков и нескольких артиллерийских батарей. Эти силы белых предназначались для Семиреченского фронта, для действий на юго-востоке современного Казахстана.
Семипалатинское станичное общество избрало Бориса Анненкова, офицера-неказака, почетным казаком своей станицы. Но это было всего лишь наименование, так как казачьи сословные права и обязанности на почетных казаков не распространялись.
Уже будучи в Семипалатинске, Борис Анненков перестал выполнять многие приказания, которые поступали к нему из Омска. Он был вызван туда Временным Сибирским правительством, но там отказался подчинить свои силы командиру 2-го Степного Сибирского корпуса, который действовал против красных в Семиречье. Возник кофликт белоказачьего атамана с омской властью.
Вернувшись в Семипалатинск, полковник Анненков, захватив с собой около полутысячи новобранцев, двинулся в Семиреченскую область. 23 октября 1918 года анненковский отряд разворачивается в Партизанскую атамана Анненкова дивизию. Началась подготовка к новому наступлению белых на Семиреченском фронте.
Партизанская дивизия прибыла в Семиреченскую область (юго-восточная часть современного Казахстана) тогда, когда атаман Семиреченского казачьего войска Генерального штаба генерал-майор А. М. Ионов находился в отъезде, будучи вызван в Омск для доклада. Борис Анненков смещает его с этой должности, самочинно объявив себя атаманом семиреченского казачества.
Но при этом он никак не объясняет, снимает ли он с себя присвоенное ему звание атамана сибирского казачества. Формально для истории он оказался в годы Гражданской войны в России атаманом двух казачьих войск. Случай во всех отношениях уникальный.
После прихода к власти адмирала А. В. Колчака Анненков проявил себя «автономистом» по отношению к Верховному правителю России. Атаман считал Колчака «слепым исполнителем воли союзников». Но это не помешало Анненкову после омского переворота 18 ноября 1918 года отправить Верховному правителю России телеграмму следующего содержания:
«Омск.
Верховному Правителю адмиралу Колчаку.
Ваше Высокопревосходительство!
Ваше назначение Верховным Правителем, в руках которого сосредотачивается вся полнота государственной власти, дало мне с первого же момента глубокую уверенность в том, что, наконец, настал тот час, когда наша измученная, истерзанная внутренними и внешними врагами Родина снова подымится и пойдет по пути возрождения и станет такой же великой, какой и была.
Я как атаман партизан, добровольно собравшихся отдать жизнь свою в любой час за нашу Родину, приветствую Ваше назначение и заверяю своим словом Атамана, что все мои силы и помыслы будут направлены к тому, чтобы Вы уверенно и твердо могли бы опереться на нас, и (мы) готовы в каждую минуту, по первому Вашему приказу, исполнить наш святой долг перед Отчизной.
С нами Бог.
Атаман Анненков».