Административное руководство армией распределялось в России между управлениями трех категорий: главными, военно-окружными и строевыми. Главные управления составляли аппарат Военного министерства, а военно-окружные представляли собой высшую местную инстанцию, являясь связующим звеном между Военным министерством и строевыми управлениями в армии. Во главе министерства стоял военный министр, назначаемый и увольняемый лично императором, который считался Верховным главнокомандующим военно-сухопутными силами. Основными задачами министра были направление и координация работы всей военной машины государства. С 1881 по 1905 год пост военного министра занимали последовательно П.С. Ванновский (1881–1898), А.Н. Куропаткин (1898–1904) и В.В. Сахаров (1904–1905), замененный в самом конце войны А.Ф. Редигером. Наметившийся в это время серьезный внутреннеполитический кризис породил неурядицы в военном управлении, отразившиеся и на положении военного министра. Дело в том, что военно-окружные управления подчинялись не только Военному министерству, но и командующим военными округами, а те, в свою очередь, — непосредственно императору и лишь формально военному министру{24}. Фактически в полном распоряжении министра оставался только центральный аппарат министерства и сопутствующие учреждения. Отсутствие четкой определенности во взаимоотношениях центральных и местных органов военного управления вело к децентрализации и способствовало образованию сепаратистских настроений в некоторых округах. В этих условиях большую роль при решении вопросов управления военным ведомством играли личное влияние главных действующих лиц и та степень расположения, которую уделял им император. Так, например, П.С. Ванновский, пользовавшийся симпатией и полным доверием Александра III, доминировал над большинством военных округов, однако в тех округах, которые возглавляли лица, имеющие большее влияние, его власть оспаривалась и даже сводилась на нет. Так было в возглавляемом великим князем Владимиром Александровичем Петербургском военном округе, а также в Варшавском. Командующий последним генерал-фельдмаршал И.В. Гурко однажды даже не допустил в свой округ генерала, посланного министром для ревизии управлений уездных воинских начальников{25}.
Влияние, которое имел при дворе А.Н. Куропаткин, было меньше, чем у Ванновского, и при нем обособились Московский и Киевский военные округа, возглавляемые великим князем Сергеем Александровичем и генералом от инфантерии М.И. Драгомировым{26}.
Апатичный, ленивый В.В. Сахаров и не пытался что-либо сделать, дабы предотвратить развал армии. При нем прибавился еще один «автономный» округ — Кавказский{27}.
Командующие вышеуказанными военными округами чувствовали себя в положении удельных князей и не только относились критически к указаниям военного министра, но даже иногда отменяли на своей территории высочайше утвержденные уставы. Так, М.И. Драгомиров в своем округе запрещал пехотным цепям ложиться при наступлении, невзирая на имеющиеся в уставе указания{28}.
Помимо всего прочего в самом Военном министерстве некоторые главки, возглавляемые лицами императорской фамилии, действовали в значительной степени независимо.