Верховной судебной инстанцией для чинов военного ведомства являлся Главный военный суд. Структура, функции и порядок его работы определялись Военно-судебным уставом 1867 г.
Отдельными отраслями деятельности Военного министерства ведали соответствующие главные управления. Всего их было 7: артиллерийское, инженерное, интендантское, военно-медицинское, военно-судное, военно-учебных заведений и управление казачьих войск.
В обязанности Главного артиллерийского управления, которому непосредственно подчинялись артиллерийские управления военных округов, входило снабжение войск и крепостей предметами вооружения, боеприпасами и т. д. Управление контролировало работу казенных оружейных заводов. Состояло оно из семи отделений, мобилизационной, судной, канцелярской частей и архива. Возглавлял управление генерал-фельдцейхмейстер великий князь Михаил Николаевич, а непосредственное руководство осуществлял его помощник — генерал-майор Д.Д. Кузьмин-Короваев[8].
Снабжением войск и крепостей инженерным, автомобильным, телеграфным и воздухоплавательным имуществом занималось Главное инженерное управление, которому непосредственно подчинялись окружные и крепостные инженерные управления и которое в описываемый период возглавлял генерал-инспектор по инженерной части великий князь Петр Николаевич. В функции управления входили также строительство казарм, крепостей, укрепленных районов, организация научно-исследовательской работы в области транспорта и т. д. В управлении хранились генеральные планы и описания всех крепостей и укреплений империи. В его ведении находились Николаевская инженерная академия и кондукторский класс.
Руководство снабжением войск продовольствием, фуражом и амуницией осуществляло Главное интендантское управление. Ему непосредственно подчинялись окружные интендантские управлении, которые занимались заготовками вещевых и продовольственных запасов для войск. В период Русско-японской войны пост главного интенданта Военного министерства и начальника Главного интендантского управления занимал генерал-лейтенант Ф.Я. Ростовский.
Делопроизводство по делам Главного военного суда и распорядительная часть военно-судного ведомства находились в ведении Главного военно-судного управления{38}. В период Русско-японской войны Главным военным прокурором и начальником ГВСУ был генерал-лейтенант Н.Н. Маслов. В конце войны Маслова заменили генерал-лейтенантом В.П. Павловым[9].
Управление состояло из канцелярии и 5 делопроизводств, которые занимались военно-судным законодательством, делопроизводством и судопроизводством, пересмотром приговоров военных судов, политическими и уголовными делами в военном ведомстве, рассмотрением жалоб и ходатайств военной и гражданской администрации, а также частных лиц. В ведении управления находилась Александровская военно-юридическая академия и военно-юридическое училище[10].
Вопросами медицинского обслуживания армии, укомплектованием штатов военно-врачебных заведений и снабжением войск медикаментами занималось Главное военно-медицинское управление, возглавляемое главным военно-медицинским инспектором, лейб-медиком двора Е.И. В., тайным советником Н.В. Сперанским. При управлении находилась Военно-медицинская академия, готовившая кадры армейских врачей. Ему непосредственно подчинялись: Завод военно-врачебных заготовлений и окружные медицинские инспекторы со своим штатом.
Военно-учебными заведениями руководило Главное управление военно-учебных заведений. В его ведении находились пехотные и кавалерийские училища, кадетские корпуса, юнкерские училища, школы солдатских детей войск гвардии и т. д. Во главе управления в описываемый период стоял великий князь Константин Константинович[11].
Военным и гражданским управлением казачьих войск занималось Главное управление казачьих войск, возглавляемое генерал-лейтенантом П.О. Нефедовичем. Во время войны ГУКВ иногда выступало в качестве посредника между казачьими войсками и другими главками Военного министерства[12]. При министерстве находилась Императорская Главная квартира ИУК, возглавляемая генерал-адъютантом бароном В.Б. Фредериксом. Она делилась на две основные части: Личный Императорский конвой (во главе с бароном А.Е. Меендорфом) и Военно-походную канцелярию (во главе с флигель-адъютантом графом А.Ф. Гейденом). По Управлению Личным Императорским конвоем командующий ИГК исполнял обязанности и пользовался правами командира дивизии, корпусного командира и командующего военным округом. В период 1-й русской революции Военно-походная канцелярия координировала все карательные экспедиции[13].