В конце концов выбор пал на Беннигсена как на победителя при Пултуске. Буксгевден был удалён из армии, а Толстой, с его опытом петербургского военного губернатора, должен был в качестве дежурного генерала компенсировать неумение Беннигсена поддерживать порядок в войсках. Граф получил право проводить самостоятельные расследования и наказывать мародёров с любой строгостью, вплоть до смертной казни. На эту жестокую меру он получил разрешение лично от Александра: «Бродяг и непослушных расстреливать именем императора». Естественно, во всех делах борьбы за дисциплину в армии Толстому помогал Бенкендорф. Уж не тогда ли он впервые задумался о необходимости специальной военно-полицейской структуры, подобной той, что успешно действовала в армии Наполеона, где её служащих называли «вооружённый всадник», или «жанд’арм»? Впрочем, в самом начале 1807 года Бенкендорф стремился в бой — просил выделить ему кавалерийский отряд в 400 сабель для рейда за Вислу, к осаждённому французами Данцигу, в чём ему было вежливо, но решительно отказано42.
Вслед за установлением единоначалия Александр I потребовал от Беннигсена наступления в Восточной Пруссии. Оно началось в январе. Беннигсен торопился разгромить французов по частям, застав их в неведении на зимних квартирах. Бенкендорф, измученный изнурительной борьбой с мародёрством, жаждал встречи с неприятелем. В составе войск генерала Маркова он участвовал в столкновении авангардов под Липштадтом, когда застигнутые врасплох ночной атакой французы бежали, потеряв почти 300 человек пленными. Через день, в самом начале боя, неподалеку от Липштадта погиб начальник Бенкендорфа на Корфу, талантливый генераллейтенант Р. К. Анреп.
Увы, зимнее наступление было слишком медленным, «отлично задуманный план оказался скверно выполненным»43. Наполеон успел собрать войска в кулак, и уже Беннигсену пришлось уходить от охвата, собирать разрозненные дивизии и разворачиваться навстречу идущему ему во фланг противнику. Манёвры по заснеженной Пруссии привели к тому, что 22 января армии встали друг напротив друга в боевом порядке. Бенкендорф ждал первого в своей жизни генерального сражения. Но Наполеон, хотя и прощупал расположение русских довольно активными действиями, не решился на немедленную серьёзную битву из-за усталости своих войск. Он дал им отдохнуть, а Беннигсен свернул оборону и отступил по Кёнигсбергской дороге на позицию, казавшуюся ему более выгодной. За скромной записью в послужном списке Бенкендорфа («от Гинькова следовал до Прейсиш-Эйлау»44) стоит череда четырёхдневных арьергардных боёв. Смысл этого неблагодарного дела, заранее обречённого на отступление, передал участвовавший в нём Барклай де Толли. После весьма жаркой схватки при Гофе 25 января он написал: «Мне и сотоварищам моим, в сём деле храбро сражавшимся, остаётся успокоиться тем, что удержана была наша позиция и через то армия от внезапного наступления сил неприятельских была защищена: таково было наше назначение и вся цель наша, и если сие удалось, то вознаграждены все жертвы»45. В последнем бою было даже отбито первое французское знамя. Эту диковинку возили по всему расположению русской армии для поднятия боевого духа накануне уже решённого сражения.
А поднимать дух войск было необходимо. Тяжелейшая война шла зимой, что было для того времени необычно: зимой полагалось отдыхать от летних кампаний. Армия то замерзала, то пробиралась по бездорожью, завязая в снегу или в такой грязи, что в ней тонули пушки (именно тогда Наполеон назвал грязь «пятой стихией»).
«По прекращении битв, — пишет А. М. Михайловский-Данилевский, — солдаты кидались на мёрзлую землю для краткого отдыха и засыпали мёртвым сном. Когда при мерцании зари надлежало подниматься от ночлега, трудно бывало разбудить усыплённых. Впросонках глядели они как одурелые, а слабейшие, отойдя небольшое пространство от лагерного места, ложились на снег и опять засыпали. Природа вступала в свои права, брала верх над силами храбрых, но не истощала мужества французов и русских, готовых биться до последней капли крови»46.
Двадцать седьмого января 1807 года Бенкендорф принял участие в сражении при Прейсиш-Эйлау, самом жестоком и кровопролитном из всех, состоявшихся в этой кампании. В своих мемуарах он уделил описанию битвы несколько страниц — таким сильным оставалось воспоминание о ней даже много лет спустя.