Когда Особенная канцелярия перешла в ведение Министерства внутренних дел, высоким покровителем и союзником фон Фока стал управляющий министерством князь В. П. Кочубей, один из «молодых друзей» императора Александра. Фон Фок однажды выразил готовность идти за князя на отсидку в Петропавловскую крепость! Неудивительно поэтому, что в развернувшейся в 1820-е годы борьбе либералов и консерваторов, Кочубея и Аракчеева, досталось и фон Фоку, который «свободомыслие почитал делом естественным и законным и скорее готов был вооружаться на противников его»154
. Как вспоминал Греч: «В последние годы царствования Александра впал он в немилость по наговорам и козням Магницкого и других негодяев, старавшихся посредством его столкнуть графа Кочубея… Кочубей был так высок во всех отношениях, что пресмыкавшийся скаред не мог его достигнуть и ужалить; итак, взялись за исполнителей его дел, а именно за самого благородного из них — Максима Яковлевича фон Фока, и сгубили бы его непременно, если б не умер Александр». Фон Фок был даже привлечён по одному из дел на основании доноса ультраконсервативного попечителя Казанского учебного округа М. Л. Магницкого155.Удалить фон Фока с важного поста не смогли, «но все дела по секретной части производились у Аракчеева и у военного генерал-губернатора графа Милорадовича. Эта секретная часть, занимаясь пустяками и ничтожными доносами, не понимала ни духа, ни желания публики и дала совершиться гнусному и пагубному взрыву 14 декабря 1825 года». К тому времени Комитет общей безопасности 1807 года захирел до того, что за весь мятежный 1825 год смог рассмотреть всего одно дело, а за предыдущий, 1824-й, — и вовсе ни одного156
.Об «отодвинутом» пятидесятилетием фон Фоке вспомнили при новом царе, в дни работы следственного комитета. Именно там номинальный управитель Особенной канцелярии сблизился с Бенкендорфом157
. «Человек добрый, честный и твёрдый» (так характеризовал фон Фока общавшийся с ним А. С. Пушкин158), с опытом работы да ещё со своей «командой», оказался очень кстати в деле обновления службы государственной безопасности. Не себя ли он имел в виду, когда писал Бенкендорфу: «Улучшение настоящего положения дел зависит, несомненно, от появления вновь на сцену старых служак. Посадите по одному из них в каждое из судебных учреждений и дайте им обеспеченное положение, и вы увидите, что относительно быстроты и правильности в ходе дел будет заметна перемена к лучшему… теперь всё хромает, всё запаздывает, потому что большинству новых чиновников недостаёт навыка и они часто грешат по незнанию дела»159?Вместе с фон Фоком Бенкендорф занялся разработкой подробной структуры нового ведомства. Ими была составлена записка «О делении на четыре экспедиции», из которой понятны основные направления деятельности Третьего отделения. Уже 14 июля (на следующий день после казни декабристов) записка эта была представлена Николаю Павловичу.
В дальнейшем в ведение Второй экспедиции были переданы места заключения государственных преступников: Алексеевский равелин Петропавловской крепости, Шлис-сельбургская крепость, Спасо-Евфимиев монастырь в Суздале и Шварцгольмский арестный дом в Финляндии.