Когда Париж был оккупирован, мать Мария и еще несколько близких друзей собрались на квартире Бердяевых — как в «штабе». Позиция в начавшейся войне у них была общая — фашизм воспринимался ими как безусловное зло. Неудивительно, что созданный матерью Марией приют на улице Лурмель стал явочной квартирой французского Сопротивления. Мать Мария, отец Дмитрий Клепинин (настоятель приютской церкви, духовный сын отца Сергия Булгакова), Тамара Клепинина (близкий друг семьи Бердяевых, слушательница РФА, жена отца Дмитрия) и их друзья составили список заключенных в лагерях русских и евреев и организовали пересылку им писем и посылок. Сотни евреев находили на улице Лурмель приют, мать Мария и отец Дмитрий помогали им переправиться в не оккупированную немцами зону страны, выдавали поддельные свидетельства о крещении. Бердяев несколько раз встречался с матерью Марией в этот первый год войны, — он разделял ее убеждения, хотя возраст и занятия интеллектуальным трудом не позволяли непосредственно сражаться с фашизмом. Бердяев был умозрительным человеком, не подходящим для реальной борьбы (это понял даже Дзержинский, отпустив его в свое время из тюрьмы ЧК). Но своих симпатий Сопротивлению Бердяев никогда не скрывал, что тоже требовало мужества. В 1943 году мать Марию, ее сына и отца Дмитрия арестовало гестапо, все трое погибли в лагерях, мать Мария нашла свой конец в печах концлагеря Равенсбрюк. Когда Бердяев узнал об этом, он написал небольшую заметку о своем друге, назвав мать Марию «одной из самых замечательных и одаренных русских женщин». Спустя годы, 16 января 2004 года, Священный синод Вселенского патриархата в Константинополе принял решение о канонизации четырех близких для Николая Александровича людей, которых он очень хорошо знал: матери Марии (Скобцовой), Юрия Скобцова (ее сына), священника Димитрия Клепинина и Ильи Фондаминского, который погиб в лагере в 1942 году.
Во время немецкой оккупации Бердяев очень редко выступал с публичными докладами и лекциями. Но было одно исключение: в 1940 году католическая монахиня и меценатка Мари-Мадлен Дави (1903–1998) организовала у себя дома Центр философских и духовных исследований. Собрания в доме Дави не вписывались в представления об академических дискуссиях: с одной стороны, там можно было встретить известных французских интеллектуалов (восходящую звезду французского психоанализа Жака Лакана, писателя Пьера Клоссовски, редактора авторитетного литературного журнала Жана Полана и других), но с другой — темы бесед на этих экзотических встречах бывали очень необычны. Дело в том, что сама хозяйка была специалисткой в области мистической теологии, она известна прежде всего как автор произведений на эту тему, — включая широко читаемые во Франции биографии святого Бернарда Клервосского и Свами Абхишиктананды. Написала она и биографию Бердяева после его смерти, — с точки зрения мистических мотивов в его жизни и творчестве.
Бердяев и особенно Лидия Юдифовна тоже не были чужды увлечению мистикой и эзотерикой. Не случайно в России у них возник интерес к Анне Рудольфовне Минловой и штейнерианству (хотя Бердяев, благодаря своему повороту к православию, довольно скоро стал испытывать отторжение от теософии), можно вспомнить и о шведском докторе Любеке, а в Париже в их доме часто бывала Ирма Владимировна Манциарли. Она родилась в Петербурге, родители ее были немцы, протестанты, замуж она вышла за итальянца, жила во Франции, но потом увлеклась Востоком — жила в Индии, в Гималаях, где изучала восточные религии. Ирма работала в Теософском обществе, покровительствовала восходящей теософской звезде, юному Кришнамурти, вела кружок по изучению «Тайной Доктрины», тесно общалась с Рерихами, занималась переводом с санскрита классических индийских текстов. Среди индолгов она известна прежде всего своим переводом «Бхагавадгиты». Манциарли часто бывала у Бердяевых, но на время оккупации Парижа перебралась за океан. Впрочем, она и там не забывала их, — Бердяевы время от времени получали то от нее, то от Елены Извольской посылки с гречневой крупой и сигарами, без которых Бердяеву было очень трудно обходиться.