Последствия «смутного времени», в Нижнем Приобье, длившиеся до середины XVII в., сказались и на Берёзове. Несколько раз город был осажден, но атаки были отбиты, а восстания подавлены. В грамоте царя Михаила Федоровича архиепископу Киприяну от 19 декабря 1621 г. говорилось: «… А березовские служилые люди литвин Копоско Григорьев да казаки Первушка Яковлев, Тренка Иванов в роспросе сказывали: В Сибире де Березов город и острог поставлены блаженные памяти при государе царе и великом князе Федоре Ивановиче всеа Руси, тому де двадцать восмь лет
(1593 г. – А.М.). А поставлен тот город для того, что в том месте были многие остяки и самоедь, а нашего ясаку с себя не платили. И ис Тобольска де воеводы посылали к тем остяком и к самояди тоболских служилых людей для нашего ясаку. И те де остяки и самоядь тоболских служилых людей побивали… А которые де торговые люди езживали с Руси и ис Тоболска в Монгазею со всякими товары, а из Монгазеи к Руси и в Тоболеск, и те де остяки и самоядь торговых людей побивали же. И как де город и острог поставили, и березовские де остяки и самоядь к городу и острогу приступали и острог де выжгли, и многих наших служилых людей побили. …с Москвы прислан де был князь Петр Горчаков да Олександра Хрущов с служилыми людми… И тех остяков и самояд привели под нашу царскую высокую руку и ясак с них взяли… А в Березове де ныне служилых людей и ружников триста пять человек…» (Тобольский архиерейский дом в XVII веке, 1994, с. 184).Острог позволил закрепиться на северных территориях, взять под государственный контроль поток вольнонародной колонизации по основной водной магистрали Мангазейского морского хода, а также беспрепятственно собирать ясак (миниатюры из летописи Ремезова иллюстрируют один из таких эпизодов, рис. 9). С 1600 г. в Берёзове действовала таможенная застава, которая контролировала южный путь от устья притока Оби Соби на Тобольск.
Берёзов становится речным городом со значительной судоверфью. Уже в 1601 г. в Берёзове были построены четыре бота и два коломета, на которых казаки спустились по р. Оби до ее устья, осмотрели Обскую и Тазовскую губы, собирая дань, а оттуда дошли до «Студеного моря» (Щеглов, 1993, с. 53) – Северного Ледовитого океана (строительство и починка судов были одним из важных дел для сибирских городов, стоящих на реках, рис. 10).