В сентябре Берии и Маленкову был поручен один из самых напряженных участков работы в тогдашней ситуации – формирование новых частей Красной армии. Проводилась вторая общая мобилизация с учетом критических обстоятельств, что позволило сформировать 25 дивизий и 85 бригад, а в дальнейшем довести численность Воздушно-десантных войск до 50 тысяч человек и укомплектовать по штатам военного времени 44 танковых бригады. И все это – до начала основных боев под Москвой.
Помимо этого, все-таки главным направлением работы для Берии была Москва.
По приказу наркома Народного комиссариата внутренних дел для обороны Москвы было сформировано 15 полнокровных чекистских дивизий, сражавшихся практически на всех участках фронта. Он также отдал распоряжение о развертывании агентурной сети в Подмосковье, в районах, которые могли быть заняты противником, и в самой Москве.
Подразделения ОМСБОНа провели минирование шоссейных и грунтовых дорог в районах Можайска, Волоколамска, Каширы, на Ленинградском шоссе в районе Химок и канала Москва – Волга, по реке Сетуни и близ Переделкина, западнее Чертанова, на Киевском шоссе и т. д.
Были заминированы также 19 мостов, 2 центральных трубопровода, ряд зданий, где могли проводиться совещания или могла расположиться в случае захвата Москвы немецкая администрация, метро, шлюзы, а также несколько подмосковных правительственных дач.
Кстати, последнее также вменялось в 1953 году Берии в вину, якобы он планировал убийство членов ЦК, а возможно и Сталина, с целью узурпации власти в критический для страны момент. Всего для работы в подполье и приведения в действие мин-ловушек и иных спланированных акций было подобрано 244 человека, и эта сеть в случае наихудшего развития событий была вполне действенна, так как подобные мероприятия, в гораздо меньших масштабах проведенные в Киеве и Минске, закончились удачными подрывными акциями, правда, нацисты использовали их в качестве повода для массового уничтожения еврейского населения республик.
Берии вместе с Маленковым удалось отстранить от должности начальника главного управления формирования НКО маршала Кулика и добиться назначения на эту должность Щаденко, которого Берия знал до этого и высоко ценил за требовательность и профессионализм. Эта ротация оказалась вполне полезной для нормализации процесса снабжения войск вооружением и военной техникой, так как Кулик оказался неспособен решать весь спектр задач в тогдашней сложной обстановке.
После удачного контрнаступления советских войск под Москвой Сталин решил провести хоть и незначительное, но перераспределение полномочий, теперь уже в ГКО. Он ввел в состав ГКО Микояна и Вознесенского, которого он постоянно позиционировал как своего перспективного выдвиженца, однако документ от 4 февраля 1942 года, определяющий полномочия членов этого высшего государственного органа страны в военный период, указывает на то, что Берия остался по-прежнему одной из ключевых фигур даже в этом узком кругу. На него совместно с Маленковым возлагался «контроль над выполнением решений ГОКО по работе ВВС РККА (формирование авиаполков, своевременная их переброска на фронт, оргвопросы и вопросы зарплаты) и подготовка соответствующих вопросов».
Берия осуществлял «контроль за выполнением решений ГОКО по производству вооружения и минометов и подготовку соответствующих вопросов». А 12 февраля с только что введенного в состав членов ГКО Вознесенского Н. А. была снята и передана Берии обязанность «контроля выполнения решения ГКО по производству вооружения и боеприпасов и подготовка соответствующих вопросов».
Круг обязанностей наркома был очень обширен и многосторонен, так как помимо всех вышеперечисленных поручений он по-прежнему имел очень большую нагрузку по линии наркомата ВД, потому что на его имя ежедневно поступали шифровки агентов, лично подчинявшихся ему, и он же составлял и доводил до сведения ГКО аналитические записи по различного рода международным делам, основанные на данных, полученных по разведывательным каналам.
Центральным событием в 1942 году для Берии была его командировка на Кавказ в наиболее критический период летней кампании, когда на юге разворачивались события, имевшие стратегическое значение для хода всей войны.