Науку о нравственности Больцано относит к таким наукам, которые, подобно математике, могут быть построены аксиоматически из некоторых основных истин. Для нравственности такой истиной является основной закон. С большинством моральных правил почти все соглашаются, считает Больцано, а с высшим нравственным принципом мало кто согласен. Сам философ не может, например, принять категорический императив Канта. Он, по его мнению, слишком формален и не указывает конкретных правил нравственного поведения. Ему не будут противоречить действия, направленные к оскорблению личности. Категорический императив Канта, гласящий: «поступай так, чтобы максима твоей воли всегда могла быть вместе с тем и принципом всеобщего законодательства», — справедливо отвергается как слишком формальный не только Больцано, но и немецкими идеалистами. Однако философ не может встать и на точку зрения Шеллинга или Гегеля. Для последних нравственный закон является идеальным требованием, к которому мы приближаемся, никогда не достигая его. Больцано полагает, что требования закона должны быть выполнимы в действительности. Он не видит здесь положительной черты в гегелевском идеализме — историчности в объяснении морали — и выдвигает не менее абстрактный, чем у Канта, принцип, считая, что из него могут быть дедуцированы как все правовые, так и все моральные правила. «Не категорический императив Канта, а способствование всеобщему благу является высшим нравственным законом», — говорит он (83, 44). Такой принцип оказывается настолько общим, что применим ко всем живым существам. Среди животных, по Больцано, имеются градации: менее совершенное животное должно, если это необходимо для блага целого, приносить себя в жертву более совершенному. Общий закон конкретизируется для людей. Для них он гласит: способствуй благу целого, насколько ты можешь, сообразуясь со своими силами и взглядами (см. 21,
Больцано продолжает в этике рационализм Лейбница. Как и немецкий философ, он убежден, что то, что ясно и правильно в логике, полезно в этике. Известно, что Больцано занялся логикой, чтобы прояснить и обосновать свой высший нравственный закон. В «Наукоучении» он специально рассматривает логику норм, или деонтическую логику, являясь одним из пионеров в этой области. Пытаясь избежать натуралистического обоснования нравственных принципов, он ставит высший нравственный закон даже над богом. Но этика Больцано, как и этика Канта и Фейербаха, «скроена для всех времен, для всех народов, для всех обстоятельств и именно потому не применима нигде и никогда», как говорил Энгельс о фейербаховской теории морали (5, 298).
Этические принципы лежат в основе всего творчества философа. В выборе истин для учебников главную роль играет высший нравственный закон.
На этом же законе должно быть основано социальное устройство. Искусство, эстетическое рассматриваются под углом зрения нравственной пользы. Чрезмерный ригоризм в этике наложил отпечаток и на эстетику Больцано. Он не смог, например, оценить значение творчества Гёте. После прочтения «Вильгельма Мейстера» Больцано записывает: «Эпоха, которая чтит Гёте, не могла бы воздать должное Ньютону, если бы он жил в это время» (82, 33). Позже он, правда, несколько меняет свое мнение. Больцано высоко ставил творчество Шиллера, он даже посвятил ему стихотворение. Немецкий поэт привлекал его своим нравственным пафосом и демократизмом.