Основание для религии и бога Больцано ищет в своей логике. Он не согласен с доказательством бога у Лейбница и оспаривает доказательство Канта. Хотя Больцано и отдает должное нравственному характеру учения Канта, для него неприемлемо «практическое постулирование» важнейших истин религии, т. е. основание их на моральном сознании. Когда не имеется объективных оснований для веры в бога, свободу и бессмертие, то невозможно и верить в них. Неправильно, что если я должен, то могу, как это выходит у Канта; наоборот, если я могу, то должен. Так, больной должен быть здоров, но для этого необходимы определенные условия, возможности (см. 21,
В действительности религия и бог оправдываются у Больцано только своим нравственным содержанием. В этом Кант и Больцано единодушны. Не нравственность основывается на религии, а религия на нравственности. Но если Кант принципы нравственности выводит из субъекта, то у Больцано они являются объективными истинами-в-себе. Религию Больцано превращает в нравственность. «Что такое религия? — спрашивает он и сам отвечает: — Она является совокупностью истин, которые ведут нас к добродетели и счастью» (цит. по: 83, 71).