Каждое отделение имеет свои профильные институты и центры. Например, в состав отделения клинической медицины входят четыре центра (Всесоюзный кардиологический научный центр, Всесоюзный онкологический научный центр, Всесоюзный научный центр хирургии, Центр психического здоровья) и ряд институтов (например, Институт сердечно-сосудистой хирургии, Институт педиатрии, ревматологии, гинекологии и акушерства и другие). В этих институтах прежде всего ведется научная работа и, кроме того, лечатся больные. В нашей стране много институтов, больниц, клиник, где лечат сердечно-сосудистые заболевания. Однако Всесоюзный кардиологический центр координирует всю работу в этой области, методическую и научную. Всесоюзный онкологический научный центр осуществляет такие же функции в масштабах всей страны в своей области. В медико-биологическом отделении АМН сосредоточены главным образом институты, ведущие фундаментальные исследования. В состав этого отделения входят, например, такие институты, как Институт фармакологии, биологической и медицинской химии, медицинской генетики, медицинской энзимологии, морфологии человека и т. д. В составе отделения гигиены, микробиологии и эпидемиологии находятся институты гигиенического, микробиологического и вирусологического профиля (Институт общей и коммунальной гигиены, Институт гигиены труда и профзаболеваний, Институт микробиологии и эпидемиологии, Институт вирусологии, Институт по изысканию новых антибиотиков и другие).
Институты АМН СССР расположены как в Москве, так и в других регионах и городах нашей страны, от Прибалтики до Дальнего Востока.
В составе АМН СССР — академики и члены-корреспонденты, представленные наиболее выдающимися учеными в области медицины. В данный момент имеется более 100 академиков и около 200 членов-корреспондентов. Они избираются тайным голосованием на общем собрании Академии. Высшим руководящим органом АМН СССР является общее собрание ее членов. На нем избираются президент, вице-президенты, главный ученый секретарь и члены президиума. Президиум осуществляет практическое руководство деятельностью Академии в период между выборами. Каждое отделение Академии избирает также свой руководящий орган в виде бюро отделения и академика-секретаря. В период между выборами работой институтов отделения руководит бюро, возглавляемое академиком-секретарем, который в то же время является членом президиума. Президиум избирается сроком на 5 лет.
ВИКТОР МОРА: — Насколько мне известно, советские медики играют важную роль в деле защиты мира между народами…
— Совершенно верно. Именно советская АМН стала инициатором движения медиков за предотвращение ядерной войны, сначала в масштабе своей страны, а затем и в международном. Президиум АМН организовал Комитет, получивший название "Врачи против ядерной войны". Мы поддерживаем контакты со многими коллегами в США, а наиболее тесные — с американским врачом, доктором Лоуном, который принимает активное участие в мероприятиях в защиту мира. Сейчас движение врачей против ядерной войны приобрело огромный размах, в нем принимают участие десятки стран.[2] Проведен ряд международных конференций по данному вопросу, в частности конференция в Кембридже, Англия, и других странах. Мы считаем, что никто лучше медиков не сможет объяснить человечеству, каковы могут быть последствия ядерной войны, как в плане генетики, так и в общем плане. Разве не медики больше других борются за сохранение здоровья и жизни человека? Ядерная война — кажется невероятным, что это все еще надо кому-то доказывать, — была бы ужасной катастрофой для всех и унесла бы бесчисленное количество жизней. Логично, что прежде всего врачи выступают против этого безумия в мировом масштабе.