Сам ставший американским гражданином, Афинагор, не колеблясь, принимается за то, чтобы привить православие на американской почве, оберегая лишь его догматическое и сакраментальное богатство. Но, не имея никакой склонности к отуреченной византийской музыке, и не открыв еще всего великолепия первоначального византийского распева (творческому возрождению которого он содействует ныне на Фанаре), он допускает — с известной долей либерализма — введение органа в храмы и даже исполенение Свадебного марша Мендельсона во время венчания!
Прежде всего он вносит ряд смелых изменений в статус священника. В Греции жалкое положение многих клириков, в особенности их костюм, необходимость отпускать бороду и волосы, иной раз закрывают дорогу к священству многим молодым людям, желающим при этом служить Церкви. Переносить подобный стиль в Соединенные Штаты — значит преграждать путь формированию местного духовенства. Но Афинагор хочет видеть пастырями молодых православных американцев, из греков или новообращенных. Он позволяет священникам не носить широкой рясы — имеющей, впрочем, турецкое происхождение, — не носить бороды или длинных волос — знака гражданской власти в Византии, власти, унаследованной затем людьми Церкви в оттоманскую эпоху. Священники должны получать достойное вознаграждение от своих общин; и чтобы быть не только требоисполнителями, но и пастырями, они должны получить надлежащее образование. В 1937 году в Помфрете, штат Коннектикут, архиепископ основывает семинарию Святого Креста, студенты которой завершают свою учебу в Афинах или в Халки. В 1947 году семинария, рядом с которой возникает и богословская Академия Святого Василия, переносится в Бостон, для того, чтобы использовать культурные ресурсы этого города и близость лучших американских университетов. За несколько лет Академия сама станет крупным университетом, греческим университетом Америки, в котором богословский факультет соседствует с Колледжем наук и искусств.
В рамках изменения того же статуса священника, Афинагор подготавливает реформу, которая позволила бы рукополагать не только монахов и женатых людей, что отвечает неразрывной традиции православия со времен древней Церкви, но и давала бы возможность священникам жениться после их рукоположения. Архиепископ намеревался предложить эту реформу ассамблее духовенства и мирян как раз тогда, когда был избран патриархом.
Он заложил крепкую эснову для будущего греческого православия в Америке. Под его руководством его преемники во главе с архиепископами Михаилом (1949–1958) и Иаковом продолжали начатое им дело и добились в большинстве штатов признания православия в качестве «основной религии» (наряду с протестантизмом, католицизмом и иудаизмом). В настоящее время в Соединенных Штатах три с половиной миллиона православных, их которых два миллиона — греко–американцы. Чтобы как–то справиться со множеством национальных юрисдикции, архиепископ Иаков организовал консультативные встречи с участием всех православных епископов, проживающих в стране, что позволило организовать в 1960 году под его председательством постоянный орган Standing Conference канонических православных епископов Соединенных Штатов.
Но всякий успех чреват своими проблемами. Интеграция совершается на социологическом и психологическом уровне, и архиепископ Иаков произносит молитву, когда Никсон принимает президентскую присягу. Он произносит ее после протестантского пастора, католического кардинала, главного раввина, но до Билли Грэма. Однако та эпоха — время молодежных протестов и вызова истэблишменту. И здесь Афинагор I не сказал своего последнего слова; ныне он — глава Церкви, проявляющей, несомненно, наибольшее внимание к феноменам «Церкви независимой», процветающей в Соединенных Штатах. Другая проблема — языковая. Греческая церковь в Америке воздерживается от использования английского языка за богослужением. Патриарх знает, что ситуации могут быть различными, и если для одних нужен английский, то для других греческий. То, чем он жил, то, что он всеми силами поощрял — это чудо новой Греции в Америке, не столько этнической, сколько византийской, т. е. нераздельно соединившей в себе православие и греческий язык и свободно вписанной в многонациональные рамки. Он предвосхищает и иной синтез. Заняв патриарший престол, он стремится вдохнуть в свое служение поистине вселенский дух…
Будучи греческим архиепископом Америки, Афинагор был лично знаком с двумя президентами, возглавлявшими Соединенные Штаты в восемнадцатилетний период его пребывания в стране: Франклином Делано Рузвельтом и Гарри Труменом.
Свой первый визит Рузвельту он нанес весной 1931 года. Рузвельт был тогда губернатором штата Нью–Йорк, где находилась кафедра архиепископии. Восемнадцать месяцев спустя Рузвельт должен будет стать президентом.
Он