Полковники обкрадывали стрельцов, заставляя работать на себя, вынуждали приобретать за свой счет обмундирование, которое должно было идти "от казны", присваивали себе их жалование. Еще во времена сражений с армией Степана Разина среди стрельцов было брожение и сильно чувствовалось падение дисциплины. Еще при жизни царя Федора стрельцы подали коллективную жалобу на своих командиров, но вместо решения вопроса, челобитников, как и водится, перепороли кнутом. Это "мудрое” действие слепого от страха правительства привело к открытому мятежу. Нескольких полковников убили, традиционно бытовавшим у стрельцов способом: их втаскивали на башни и оттуда сбрасывали на землю. Боясь лишиться своей практически единственно! опоры в стране, правительство пошло на компромисс, откупившись от стрельцов деньгами и не только освободив их от ответственности за убийство полковников, но и прикрыв самосуд арестом многих других командиров.
Всего этого было достаточно, чтобы стрельцы почувствовали себя преторианцами — явление неизбежное в тоталитарной стране, где армия является единственным гарантом лигитимности властей и спокойствия в государстве. Сразу после смерти царя Федора по Москве был распространен слух об убийстве Нарышкиными царя Ивана и о желании Ивана Нарышкина провозгласить царем самого себя. Было ли это результатом спланированного заговора или стихийным взрывом давно накопленной ненависти, трудно сказать, но утром 15-го мая стрельцы в полном вооружении стянулись к Кремлю и без боя ворвались в него, так как охрана Кремля состояла также из стрельцов, которые примкнули к мятежу.
Убив по дороге несколько человек, стрельцы окружили Красное Крыльцо перед Грановитою палатой и громко требовали головы Ивана Нарышкина, якобы виновного в убийстве царя Ивана. Напрасно перепившей с утра толпе вооруженных солдат выносили и показывали живого Ивана, напрасно царица Наталья и ее названый отец боярин Матвеев пытались успокоить солдат, — ревущая толпа продолжала требовать головы Ивана Нарышкина.
Вызванный к стрельцам командующий всеми их соединениями князь Михаил Долгорукий пытался призвать своих подчиненных к повиновению, не найдя ничего лучшего в создавшейся обстановке, как пообещать их всех поголовно перевешать. Другого языка с подчиненными он просто не знал. Командующего схватили и сбросили с крыльца на поднятые копья, а затем рассекли на части секирами.
Следующим схватили боярина Матвеева, оторвав его от плачущей царицы Натальи, державшей на руках малолетнего Ивана. Матвеева подняли на копье и рассекли на части.
Убийства происходили и в городе, перерастая в грабежи. "Всякая деятельность правительства прекратилась, — отмечает историк. — Не было никого, кто мог бы или захотел принять какие-либо меры против мятежников. Жизнь всех сановников оказалась в страшной опасности. Судьи, дьяки, подьячие, приказные люди спрятались, кто где мог". Столица была отдана на разграбление собственной армии.
Ворвавшись в царский дворец, стрельцы начали повальный обыск палат и прочих помещений. Стоявшие в карауле у входа стрелецкие офицеры Горюшкин и Юренев, пытавшиеся преградить им дорогу, были изрублены в клочья. Стрельцы переворачивали все помещения вверх дном, протыкая копьями перины и подушки, в поисках Ивана Нарышкина. Первым был убит молодой стольник Федор Салтыков, кем-то принятый за Нарышкина. Думный дьяк Ларионов был найден в сундуке. Его подняли на копья и изрубили на части. В городе был разграблен дом дьяка и убит его сын. Под престолом церкви Воскресения в Сенях был обнаружен Афанасий Нарышкин. Он был вытащен за ноги на крыльцо, оброшен на копья и изрублен. Между Чудовым монастырем и Патриаршим двором были схвачены князь Григорий Ромодановский с сыном Андреем. Обоих подвергли истязанию и зарубили.
"Любо ли? Любо ли?" — кричали стрельцы, поднимая на копьях тело очередной жертвы. "Любо! Любо!" — ревела пьяная толпа.
Изуродованные тела убитых тащили на Красную площадь с криками и улюлюканьем. В городе стрельцы ворвались в дом князя Юрия Долгорукова. Сначала они извинились за убийство его сына Михаила, а потом зарубили больного старика и выбросили его тело в навозную кучу.
Были разграблены приказы, горели архивы, особенно Холопского приказа.
На следующий день бесчинства продолжались. Стрельцы продолжали рыскать по дворцу: убили думного дьяка Кириллова, зарубили еще одного своего полковника Дохтурова и требовало выдачи иноземного врача Даниэля, виновного якобы в отравлении царя Федора. Врача найти не удалось, но зато были убиты его помощник и 20-летний сын. Хотели умертвить отца царицы Натальи, которая плача на коленях вымолила отцу жизнь с условием, что тот немедленно пострижется в Кнрилло-Белозерском монастыре. В сердцах был убит подвернувшийся под руку юноша — дальний родственник Нарышкиных. Продолжали искать Ивана Нарышкина, но так и не найдя его (он был удачно спрятан в чулане за ворохом подушек), "толпа с криками и непристойными ругательствами вышла из Кремля, поставив у всех ворот караулы".