После французской революции ему пришлось сначала перебраться в Вену, затем он оказался в Польше, в имении князей Любомирских, одно время даже претендовавших на польскую корону. Чтобы восточноевропейская знать его лучше приняла, Жан Франсуа прибавил к фамилии частичку «де» и стал Тома де Томон.
В Венгрии он работал у герцога Миклоша Эстерхази, но те деньги, что ему платил венгерский магнат за работу по переустройству роскошного дворца и парка, позволяли к тому времени уже женатому Тома де Томону едва сводить концы с концами. В 1798 году Жан Франсуа покинул Венгрию и в январе 1799 года прибыл в Гамбург, где около двух месяцев провёл в ожидании русского паспорта. Из-за натянутых отношений между Петербургом и Парижем въезд для граждан Франции в Россию был почти закрыт, поэтому Тома де Томон решил схитрить и представился подданным Швейцарии.
Оказавшись в России, год он проработал в имении Самойлово, у князя Голицына, спроектировав и построив там церковь во имя Пречистой Богородицы. Только после этого Тома де Томон получил высочайшее дозволение отправиться в Петербург.
Столица произвела на Томона неизгладимое впечатление. Такого города он ещё никогда не видел. Петербург, построенный очень быстро, не знал западноевропейского архитектурного разнобоя: только барокко и классицизм господствовали в его облике. Вскоре Тома де Томону удалось принять участие в конкурсе проектов на постройку Казанского собора. Среди его конкурентов были такие архитекторы, как Чарльз Камерон, Андрей Воронихин и Пьетро ди Готтардо Гонзаго. И хотя конкурс выиграл Воронихин, Тома де Томона заметили, а его знакомство с Воронихиным переросло в крепкую, многолетнюю дружбу. Конкурс показал, что «швейцарец» способен учитывать особенности русской архитектуры.
Через несколько недель Тома де Томону поручили проект триумфальных ворот у одной из застав Москвы. За короткое время архитектор разработал несколько вариантов. Павлу I понравились все, но, естественно, он был вынужден остановиться только на одном, на нём и начертал: «Быть по сему». Воплотить проект в жизнь помешало убийство царя в марте 1801 года.
За полгода до этого события, 18 августа 1800 года, Академия художеств в Санкт-Петербурге за серию графических работ присвоила Тома де Томону звание академика. Архитектор обратил на себя всеобщее внимание, но деятельность зодчего Тома де Томона в Петербурге началась только в 1802 году.
30 января 1802 года Александр I издал указ:
Вот что писали об этом событии современники:
Проектную и строительную работу, а также службу на стекольном заводе Томон сочетал с педагогической деятельностью. 5 мая 1802 года президент Академии художеств граф Александр Сергеевич Строганов предложил совету академии с формулировкой
С Бетанкуром Тома де Томона познакомил скульптор Мартос. При первой встрече, не подозревая, что Бетанкур не просто испанец, а уроженец Канарских островов, Тома де Томон, в компании преподавателей Академии художеств, сказал, что из всех вин, которые он когда-либо пробовал во Франции, Италии или Венгрии, ему нравятся больше всего канарские. Бетанкуру весьма польстило это замечание — он специально подошёл к Тома де Томону, и они разговорились. Беседа закончилась тем, что Бетанкур предложил архитектору прочесть цикл лекций по перспективе в Институте Корпуса инженеров путей сообщения. Так в 1810 году завязалась их дружба, к сожалению, продлившаяся всего три года…