Нужно заметить, что, хотя орган — такой же клавишный инструмент, как клавесин или фортепиано, на самом деле звукоизвлечение на нём требует совсем другой манеры и этому нужно специально учиться. Большинство больших церковных органов располагает, помимо двух-трёх клавиатур для рук (мануалов), ещё и педалью — клавиатурой, на которой играют ногами. От рядовых церковных музыкантов в конце XVIII века виртуозной педальной техники обычно не требовалось. Но Эден, как органист, воспитанный в традициях высокого барокко, должен был этим искусством владеть. Кроме того, церковному органисту и тогда, и сейчас надлежит знать много прочего — ход и чин разных служб, тексты всех песнопений и молитв (у католиков — на латинском языке), календарь церковных праздников и связанный с ними репертуар. Работа рядового церковного органиста была довольно рутинным занятием, хотя играть на органе юному Бетховену нравилось.
Что касается школьного образования, то тут Людвиг рос полным невеждой. Отец отдал было его в начальную церковную школу Николауса Рупперта, но, убедившись, что мальчик лишь попусту тратит там время, забрал его оттуда. Когда Людвигу шёл десятый год, один добрый знакомый, Иоганн Штепан Цамбона, обнаружил, что он не сведущ ни в чём, кроме музыки, и взялся бескорыстно понемногу учить его грамматике, логике и языкам — латыни, французскому, итальянскому. Тайнами таблицы умножения он так и не овладел до конца своей жизни — это, увы, факт, подтверждаемый документами из архива Бетховена: он многократно складывал суммы, не умея их умножать. Но, может быть, отсутствие школьного образования оказало Бетховену не только плохую, но и хорошую услугу: он привык до всего доходить своим умом, а ум этот оказался сильным, свободным, пытливым и не зашоренным некогда внушёнными — или даже вбитыми — схемами и правилами. К учёности же в высоком смысле этого слова он питал огромное уважение, и никто из выдающихся современников, общавшихся с Бетховеном впоследствии, не считал его интеллектуальной неровней себе.
Рубежной вехой в обучении Бетховена стало начало его занятий с приехавшим в Бонн в октябре 1779 года Кристианом Готлобом Неефе (Нефе) (1748–1798). К этому времени Неефе был уже известен в Германии как композитор — автор зингшпилей (комических опер), песен, сонат. Он был родом из Саксонии и учился в Лейпцигском университете, где познакомился с Иоганном Адамом Хиллером — кантором школы при церкви Святого Фомы и, стало быть, одним из преемников самого Иоганна Себастьяна Баха. Под влиянием Хиллера молодой Неефе оставил юриспруденцию и посвятил себя музыке. С 1776 года он сотрудничал со странствующей труппой, успешно выступавшей в разных городах Германии, — и женился на актрисе этой труппы, подарившей ему шестерых детей.
Хиллер также писал в основном «лёгкие» вещи в жанре зингшпиля, однако его интересы этим вовсе не ограничивались. Он знал и любил творчество Баха, которое во второй половине XVIII века казалось совершенно несовременным, трудным и скучным. И эту любовь Хиллер сумел привить Неефе, а тот, в свою очередь, — Бетховену, который до него вряд ли о Бахе даже слышал.
Неефе появился в Бонне в качестве музыкального руководителя театральной труппы Густава Фридриха Гроссмана, ангажированной при дворе курфюрста. А затем получил ещё и должность придворного органиста, сменив умершего ван ден Эдена.
В самом этом назначении не было бы ничего удивительного, если бы не один факт: Неефе был протестантом. Хотя не все были довольны столь странным «симбиозом», иноверец был утверждён в своей должности. Либо он заметно превосходил всех прочих претендентов, либо архиепископу Максимилиану Фридриху, человеку благодушному и терпимому, было мало дела до религиозных взглядов органиста, коль скоро он хорошо справлялся со своими обязанностями. К тому же Неефе был какой-никакой знаменитостью: в Германии к его мнению прислушивались; его оперы шли в театрах, а статьи публиковались в музыкальных журналах.
Неефе не мог не обратить внимания на маленького Людвига и, возможно, сам предложил взять его в ученики. Иоганн ван Бетховен воспитывал сына на произведениях в галантном стиле — красиво звучавших, но не требовавших от исполнителя глубины и выразительности. Новый учитель открыл перед мальчиком такие миры, от которых у него должно было перехватить дыхание: миры Баха и Моцарта.
В наше время образование любого пианиста немыслимо без изучения «Хорошо темперированного клавира» (ХТК) Иоганна Себастьяна Баха — монументального собрания, состоящего из двух томов по 24 прелюдии и фуги во всех тональностях. Концертирующие пианисты и клавесинисты считают за высокую честь сыграть или записать на диски весь ХТК — своеобразную «Библию» всех исполнителей на клавишных инструментах.