В Харькове Михновский открыл собственную адвокатскую контору и возобновил политическую деятельность. В феврале 1900 года его усилиями была создана так называемая «Революционная украинская партия» (РУП), главным направлением деятельности которой было отвлечение украинской молодежи от работы в российских политических партиях и вовлечение их в политическую работу, направленную на создание украинского независимого государства. С этой целью в феврале 1900 года Михновский выступает с речами вначале в Полтаве, а затем и в Харькове на шевченковских собраниях. Прозвучавшие в этих речах идеи «самостійності» были подхвачены членами РУП. По их поручению Михновский пишет программную декларацию РУП под названием «Самостійна Україна» и в том же году издает ее массовым тиражом в виде брошюры. Большевистская газета «Искра» с полным основанием назвала ее «дикой шовинистической брошюрой». Не имея четкого представления о классовой борьбе как двигателе социального прогресса, Михновский стал на путь решительного отрицания марксистской теории классовой борьбы, ставя во главу угла консолидацию нации ради построения самостоятельного украинского государства. Главным врагом «украинства» он считал «чужие нации» — русских, евреев, поляков и призывал к бескомпромиссной борьбе с ними, отбрасывая в сторону наличие в них тех классовых прослоек, которые так же, как и украинцы ненавидели царское самодержавие и добивались установления в стране демократического строя. Однако Михновский не видел в них своих союзников. Он призывал украинских пролетариев бороться против российских пролетариев, которые, по его словам, находятся под опекой российских промышленников и банкиров. «Одним словом, говаривал Михновский, — украинская нация должна бороться против всех враждебных наций, независимо от того, какие классы наличествуют в них и за что они борются».
Как известно, РУП вскоре распалась на множество псевдо-социалистических партий. Одну из них, так называемую Украинскую народную партию (ПУП) возглавил Николай Михновский. Он разработал для нее 10 принципов, в которых отражено националистическое сознание их автора. Вот эти «принципы»:
1. Единая и неделимая — от Карпат до Кавказа — свободная Украинская Демократическая Республика — это национальный всеукраинский идеал.
2. Все люди — твои братья, но москали, ляхи и жиды — враги нашего народа. Они господствуют над нами и грабят нас.
3. Украина для украинцев, а по сему не сложим оружия, пока хоть один чужинец будет находиться на нашей земле.
4. Всегда и всюду пользоваться украинским языком. Пусть ни жена твоя, ни дети твои не позволят очернять себя чужеземцам-угнетателям.
5. Уважай деятелей родного края, презирай его врагов, отвергай перевертышей — отступников и хорошо будет твоему народу и тебе.
6. Не убивай Украину своим презрением к всенародным интересам.
7. Не становись ренегатом — отступником.
8. Не обдирай собственный народ, работая на врагов Украины.
9. Помогай своему земляку прежде всех.
10. Не бери себе супругу из чужеземцев, ибо дети твои будут тебе врагами.
11. Не дружи с врагами нашего народа, ибо это прибавит им силы и отваги; не поддерживай угнетателей наших, ибо сам предателем станешь.
Эти принципы Михновский адресовал представителям третьего поколения украинской интеллигенции, которая, по его словам, должна создать новую самостоятельную Украину. По его мнению, первое поколение украинской интеллигенции служило Польше, а второе — России.
Михновский и члены Народной Украинской Партии осуждали гетмана Богдана Хмельницкого за то, что он якобы «отдал Украину во власть московского царя», подписав Переяславский договор 1654 года.
В 1905–1909 гг. Михновский работает адвокатом, защищает интересы украинцев. Особый резонанс обрело его участие в суде по делу «Лубенских боевых дружин» (1909). Своей защитительной речью он вызвал сочувствие к подсудимым и они были оправданы судом.
Во время выборов в первую государственную думу Михновский активно потрудился в пользу украинских кандидатов от Полтавщины и все они были избраны в Госдуму.