Менее косвенным, гораздо более определённым является доказательство того, что здоровье короля ухудшалось после 1536 г., и это очень серьёзно отразилось на его характере. Меньше, чем через год после несчастного случая на турнире он сильно мучился из-за прогрессирующего изъязвления ноги. «Мне снилось, что король умер, — сказал на суде 24 марта 1537 г. Генри Поул, лорд Монтагью, — но он умрёт неожиданно, нога его убьёт». Через месяц, 30 апреля 1537 г. Хьюзи докладывал своему господину, лорду Лайлу, что «король редко куда-нибудь выходит по той причине, что нога у него сильно болит». 12 июня сам Генрих говорил Норфолку, что он не в состоянии поехать в Йорк («о чём никому не надо говорить»), потому что «жидкость опустилась к нам в ноги, и наши врачи не советуют нам далеко уезжать в такую жару». Впоследствии заболели обе ноги, вызвав серьёзный кризис в мае 1538 г., когда Кастильон докладывал Монморанси, что «королю залечили свищ на ноге, и за десять или двенадцать дней жидкости, которые не имели выхода, его чуть не задушили, так что временами он не мог разговаривать, чернел лицом и находился в серьёзной опасности».
Если заболевание и не было постоянным, совсем оно не проходило. Брат лорда Монтагью, сэр Джеффри Поул, который тоже был приговорён к смерти (исполнение приговора было отсрочено), заметил в ноябре 1538 г., что у Генриха была «такая больная нога, какой бы не обрадовался ни один несчастный», добавив, возможно, выдавая желаемое за действительное, что навряд ли Генрих проживёт долго. В марте 1541 г. ноги опять серьёзно болели. Как Марильяк докладывал французскому королю, язвы «ранее открывшиеся и содержавшиеся открытыми, чтобы поддержать его здоровье, неожиданно закрылись, и он очень встревожился, потому что, пять или шесть лет назад в подобном случае, он думал, что умрёт. На этот раз тут же применили нужное лекарство, и он теперь здоров, и лихорадка прошла». «Ноги его настолько слабы, — рассказывал имперский посол королеве Венгрии в мае 1544, — что он почти не может стоять». У него, докладывал он императору 18 мая 1544 г., «самые больные ноги в мире, так что те, кто их видел, удивляются, что он не остаётся постоянно в постели, и считают, что малейшее напряжение представляет опасность для его жизни». С некоторого времени его приходилось поднимать по лестнице в специально сконструированной тележке или на носилках. Миссис Элизабет Холланд «призналась… что король так прибавил в теле, что не может подниматься и спускаться по лестнице, и его приходится поднимать и спускать при помощи механизма».
Помимо психологических последствий, которые имела для психики короля эта мучительная и постоянная болезнь, состояние ног Генриха представляет собой и медицинскую проблему. Одно время думали, что его болезнь — это результат сифилитической инфекции, что объясняло, почему у его жён случались выкидыши. Помимо язв на ногах, которые могли бы быть результатом сифилиса, изменение формы его носа, очевидное в последних портретах, может предположить сифилитические гуммы. И всё же ни в нём, ни в его детях не проявилось никаких признаков заражения сифилисом, и в записях нет никакого упоминания, как наверняка было бы, о применении какого-либо из тогдашних лекарств против сифилиса, например, ртути. То, что у Генриха был сифилис, кажется крайне невероятным.
В более поздние времена нездоровье Генриха объяснялось его неправильным питанием, результатом чего явилась цинга или скорбут. Он ел слишком много мяса, часто со специями или зимой с соленьями, слишком мало фруктов и свежих овощей, и поэтому страдал от острого недостатка аскорбиновой кислоты или витамина C. Похоже, что особенности его болезни вполне соответствуют характерным симптомам цинги: изъязвление ноги с быстро распространяющимися опухолями, болью и ранами, дурной запах изо рта, быстрая утомляемость, трудность при ходьбе, одышка, отёчные опухоли, красный цвет лица, раздражительность и депрессия. И всё же Генрих наверняка не был единственным из современников, который болел из-за неправильного питания. В то время как это предположение представляет интерес, как и другие теории, например, что у Генриха была обширная подагра, оно остаётся бездоказательным.
Представляется важным, что хотя «больная нога» упоминалась в 1528 г., настоящая болезнь началась вскоре после серьёзного несчастного случая на турнирном поле в 1536 г. Кажется наиболее вероятным, что из-за него началась варикозная язва, вызывающая, если её правильно не лечить, тромбоз ноги и хроническую язву бедра. Или же у него мог быть остеомиелит, хроническая септическая инфекция бедренной кости, которой, возможно, способствовало падение 1536 г.