Непредвиденное усиление военной мощи Египта в период правления Рамсеса III существенно осложнило планы Моисея. Завоевание южного Ханаана стало нереальным, так как египтяне рассматривали его в качестве своей восточной границы. Определенная свобода действий для Моисея оставалась на территории центрального и северного Ханаана, где уже находилось несколько северных племен. Но пробиться туда через земли египетских ставленников, не вызвав вмешательство армии Рамсеса III, не представлялось возможным. Часть «дома Иакова» — колена Йеуда И Шимон, — сблизившиеся со своими мидьянскими и эдомитянскими союзниками, предпочитали подождать в оазисах пустыни, пока египтяне не уйдут из южного Ханаана. Однако большинство племен рвалось на север, на соединение с «домом Иосифа», чтобы совместно с ним отвоевать свои прежние племенные территории. Моисей, желая сохранить единство, пытался примирить интересы двух групп И задержаться насколько возможно на границах южного Ханаана, но тщетно. Мятеж Кораха показал, что люди больше не хотят и не могут скитаться по пустыням, и что любое промедление грозит восстанием соплеменников и гибелью от их рук.
Раскол «дома Иакова» стал неизбежным. Он произошел не только потому, что большинство племен, вышедших С ним из Египта, принадлежали к северным, израильским, коленам и были ближе к «дому Иосифа». Ведь это обстоятельство не помешало в дальнейшем южному колену Реувен и части левитов присоединиться к северным племенам. Главная причина раскола заключалась в другом: южные колена Йеуда и Шимон оказались под влиянием своих более многочисленных союзников — мидьянских и эдомитянских племен. Родство и союз Моисея с мидьянитянами, их помощь в безводных пустынях имели не только положительные, но и отрицательные стороны. Новые союзники стали преобладать в численном отношении над прежним составом племени Йеуда; вероятно, то же самое грозило и колену Шимон. Очевидно, количество перешло в качество, и власть над племенем Йеуда оказалась в руках вождей-пустынников, никак не связанных с эпопеей «дома Иакова» в Египте. Примечательно, что при описании исхода из Египта и первых месяцев пребывания в пустыне Библия упоминает Нахшона, сына Аминадава, в качестве вождя племени Йеуда. Он же являлся шурином первосвященнику Аарону. Однако, начиная с эпизода о разведчиках, посланных в Ханаан, новым вождем колена Йеуда постоянно называется глава кеназитов (эдомитян) Калев, сын Йефуне. А ведь эпизод с разведчиками произошел в самом начале сорокалетнего пребывания в пустыне. Но это еще не все. Книга Исход, перечисляя подробно родословие южных племен Реувен, Шимон и Леви, находившихся в Египте, не делает того же в отношении четвертого южного колена — Йеуда. И не случайно, потому что новые кочевые кланы и их вожди, вытеснившие старую племенную аристократию, никогда не были в Египте. Калев и другие вожди-пустынники навязывают двум южным коленам, Йеуде и Шимону, собственное решение — остаться в хорошо знакомой им пустыне до ухода египтян из южного Ханаана.
Больше всех такой поворот событий не устраивал священнический клан ааронидов: переход власти к вождям-пустынникам лишал их традиционной поддержки старой племенной аристократии из колен Йеуда и Шимон. Положение изменилось, когда после смерти престарелого Аарона место первосвященника занял его энергичный и решительный сын Эльазар. Новый первосвященник начал открыто сопротивляться любому сближению с мидьянитянами, видя в этом угрозу как для привилегированного положения собственного рода, так и для «дома Иакова». Чрезмерное влияние мидьянитян не устраивало и многочисленные эдомитянские кланы, присоединившиеся к племени Йеуда. Пользуясь тем, что Моисей сильно постарел и ослаб, Эльазар стал навязывать ему собственную линию на разрыв союза с мидьянитянами. Чтобы спровоцировать конфликт с ними и поставить Моисея в безвыходное положение, Пинхас, сын Эльазара, убивает вождя племени Шимон и его жену-мидьянитянку. Вероятно, в этот момент аарониды вырывают власть из рук умирающего Моисея. Эльазар, прикрываясь его именем, начинает жестокую войну с одной из групп мидьянских племен, не щадя в ней ни женщин, ни детей. Много позднее носители библейской традиции из ааронидов постарались оправдать разрыв с мидьянитянами тем, что последние соблазняли израильтян языческим культом Баал-Пеора, из-за чего Бог наказал свой народ губительным мором. С тех пор отношения между древними евреями и мидьянитянами испортились, однако память об их трогательной дружбе во времена Моисея осталась навсегда.