После июльских событий в Москве жизнь Блюмкина складывалась благополучно. ВЧК, выполняя директивы вождя, не нашла Якова Григорьевича. Осень 1918 года он провел в Петрограде, где в местной ЧК его спрятал Дзержинский, а затем отправился на Украину и принял участие в подготовке ряда терактов против гетмана Скоропадского. После вступления в Киев частей Красной Армии и установления в городе власти Советов Блюмкин явился с «повинной» к своему старому знакомому, начальнику местной ЧК Лацису, который встретил его необычайно радушно. Не прошло и нескольких месяцев, как гуманный Президиум ВЦИК принял решение об амнистии шалуна, и Блюмкин вступил в РКП(б) по рекомендации Феликса Дзержинского и через Орготдел ЦК.
Дзержинский и Зиновьев пригласили этого человека не случайно. Вся его бурная жизнь была доказательством того, что именно он, как никто другой, подходит для весьма необычного задания в Центральной Азии.
Яков несколько лет состоял в аппарате наркомвоена Троцкого в должности «для особых поручений». Блюмкин боготворил Льва Давидовича и прекрасно помнил его слова, сказанные на IV съезде Советов во время обсуждения возможности заключения Брестского мира. «В московском железнодорожном узле, — возмущался Троцкий, — есть три вагона с резолюциями, но нет ни одного вагона с оружием!» Одна эта фраза едва не провалила агитацию Ленина в пользу Брестского мира с Германией.
Когда в 1920 году, Красная Армия заняла Крым и решалась судьба сорока тысяч офицеров белой армии, именно Блюмкин был послан для «решения» этой проблемы. Белые, не успевшие эвакуироваться с войсками Врангеля, сдались в плен под честное слово Фрунзе: «Если вы разоружитесь, то всех мирно отпустят в пределы континентальной России». Против такого разрешения вопроса с пленными категорически выступал Троцкий, разразившийся яростной тирадой: «Мы пускаем в глубь страны сорок тысяч лютых врагов революции!» И Лев Давидович добился того, чтобы было принято единодушное решение— всех пленных расстрелять.
Пленные жили в лагерях в глубине полуострова, и массовая ликвидация, по мысли ее организаторов, должна была остаться незамеченной. Проследить за исполнением приказа были посланы Бела Кун, Землячка и Блюмкин. На глазах Якова и при личном участии этого «контролера из Москвы», бегавшего и добивавшего расстрелянных, все обреченные были уничтожены. Авторы ликвидации — Троцкий и Пятаков. Блюмкин один из самых ярых ее исполнителей. Об этом он любил рассказывать, бывая в гостях у наркома просвещения, самому Анатолию Васильевичу, его жене Розанель-Луначарской и ее двоюродной сестре, балерине Большого Театра Татьяне Сац, к которой пытался посвататься.
С 1923 года Блюмкин — сотрудник Коминтерна, а затем и ОГПУ, любимец Дзержинского и Зиновьева. Тогда же он получил свою кличку— «Джек». Так звали этого парня балерины Большого за страстную любовь к авантюрным романам Джека Лондона, а может быть, еще и за то, что он свободно говорил по-английски, без акцента (как, впрочем, и на многих других языках, например на монгольском и персидском). Он получил в Военной академии РККА отличную подготовку. Блюмкин вышел оттуда начитанным и необычайно эрудированным. Теперь он одинаково лихо владел револьвером и собственными кулаками. Его абсолютным кумиром был известный британский агент Лоуренс Аравийский — организатор арабского «Восстания в пустыне», подорвавшего боеспособность турецкой армии и предопределившего триумфальное наступление войск Британии на Ближнем Востоке. Блюмкин мечтал стать советским Лоуренсом, не раз говорил об этом своим знакомым и, кажется, сильно преуспел в этом стремлении.
Разговор, происшедший в главном кабинете Лубянки между Дзержинским, Зиновьевым и Блюмкиным, касался грандиозных планов мировой революции и ее движения на Восток. Для начала агенту предлагалось пробраться в Палестину и устроиться в Яффе под видом владельца прачечной, имея документы на имя Гурфинкеля. Там следовало спровоцировать местных арабов на столкновения с еврейскими переселенцами. Для Британской империи, которая утвердилась в этом районе, Ближний Восток — ключ к Суэцкому каналу и, следовательно, Индии. Если здесь возникнет очаг напряженности, со временем будет парализована вся английская колониальная система.