Первоначально разрозненно, батальонами и отрядами сражалась также и морская пехота. Затем мелкие подразделения и отряды моряков стали объединяться в соединения - бригады морской пехоты. Так, из моряков Азовской флотилии, Керченской и Новороссийской военно-морских баз, из личного состава других частей и кораблей Черноморского флота 25 августа была сформирована 1-я сводная бригада морской пехоты, занявшая оборону на неберджаевском направлении. 22 и 23 августа 103-я стрелковая бригада вела оборонительные бои с противником на рубеже Неберджаевская, Нижне-Баканский, Горно-Веселый. Ценой больших потерь немецко-фашистским войскам удалось потеснить наши части и 22 августа захватить Неберджаевскую, а затем и Нижне-Баканский. Однако попытки противника развить наступление вдоль шоссе на Верхне-Баканский, Новороссийск были сорваны. Несмотря на некоторый территориальный успех, противник к 25 августа не сумел выполнить своей главной задачи - захватить Новороссийск - и вынужден был временно приостановить наступление. В то же время командующий армией решил нанести контрудар силами 77-й стрелковой дивизии на Неберджаевскую. Нашим войскам удалось захватить высоты южнее Неберджаевской, а днем 26 августа даже овладеть станицей. Но, не имея достаточных сил, удержать ее не смогли и вынуждены были отойти в исходное положение. Вновь потеснив наши части на этом рубеже, противник спешно подбросил свежие силы в районы Неберджаевской, Нижне-Баканского и Молдаванской и выбросил вперед сильные отряды, чтобы сдержать наступление наших войск. В результате этих боев части 77-й стрелковой дивизии понесли серьезные потери. 26 августа погиб член Военного совета 47-й армии бригадный комиссар И. П. Абрамов. Но и противнику был нанесен большой урон. В результате трехдневных упорных боев гитлеровцы, проникшие было отдельными группами до Цемесской долины, были отброшены и наши части овладели высотами южнее Неберджаевской и железнодорожной станцией Аманат. Получив кратковременную передышку, войска 47-й армии ускорили оборудование занимаемых позиций, пополнили боевые подразделения за счет личного состава тыловых частей и частей морской пехоты. После оставления Темрюка и отхода частей Азовской флотилии на Таманский полуостров командование Керченской военно-морской базы укрепило оборону полуострова. 26 августа оно создало там три боевых участка: северный, южный и восточный. Из 144-го и 305-го батальонов морской пехоты, отошедших в станицу Старотитаровская, был сформирован один батальон (144-й), который занял оборону от Старотитаровского лимана до Ахтанизовской. Азовский батальон морской пехоты, получивший название 305-го батальона, пополнился моряками с погибших кораблей и занял оборону на участке Пересыпь, Варениковская, колхоз "Красная Стрелка". Монитор "Железняков" поддерживал его своим артиллерийским огнем. Спустя три дня 144-й батальон морской пехоты и 40-й артиллерийский дивизион флотилии по указанию командующего Новороссийским оборонительным районом были переброшены с Таманского полуострова в район Анапы.
Между тем противник произвел перегруппировку своих войск. Перебросив с туапсинского направления в район Крымской 125-ю пехотную дивизию 57-го танкового корпуса, немецко-фашистские войска 29 августа вновь перешли в наступление. На этот раз, отказавшись от лобовых атак, враг решил прорваться к Новороссийску в обход с северо-запада через Натухаевскую силами 125-й пехотной дивизии и через Верхне-Баканский, где действовала его 73-я пехотная дивизия с 50 танками. Второй удар противник наносил силами 9-й пехотной дивизии с севера - из Неберджаевской на Мефодиевский. Все атаки 9-й кавалерийской дивизии стойко отражали моряки 1-й сводной бригады морской пехоты. Не имела успеха и 73-я пехотная дивизия, наступавшая на Верхне-Баканский. Понеся большие потери, ее части за трое суток упорных боев продвинулись всего на 3-5 км. И лишь 125-й пехотной дивизии ценой больших потерь удалось потеснить 83-ю морскую стрелковую бригаду и 31 августа захватить Красно-Медведовскую. В этот же день части 5-й и 9-й кавалерийских дивизий румынского кавалерийского корпуса, преодолев сопротивление частей Анапского сектора береговой обороны и 40-го артиллерийского дивизиона, двумя полками мотопехоты и одним кавалерийским полком вышли на побережье Черного моря, 31 августа захватили Анапу и изолировали от основных сил 47-й армии части морской пехоты, оборонявшие Таманский полуостров. Моряки оказались в очень тяжелом положении, но, несмотря на это, они героически защищали каждую позицию. Части морской пехоты продолжали удерживать Таманский полуостров. Однако им пришлось выделить часть сил для прикрытия восточного направления, тем самым оборона побережья Керченского пролива была ослаблена. Это облегчило противнику высадку десанта.