Первоначально немецко-фашистское командование планировало переправить из Крыма на Таманский полуостров 11-ю армию (операция "Блюхер-1"), но затем было принято решение перебросить ее основные силы под Ленинград, а десантную операцию под условным названием "Блюхер-11" провести силами двух румынских дивизий (19-я пехотная и 3-я горная). Позже гитлеровцы решили подключить к операции и 46-ю немецкую пехотную дивизию 11-й армии, которая должна была высадиться на Таманский полуостров, обеспечить высадку румынских дивизий, после чего возвратиться в Крым. Высадку намечалось осуществить 10 августа. Однако упорное сопротивление наших частей на суше и активные действия кораблей Азовской военной флотилии и авиации Черноморского флота против вражеских высадочных средств и портов сосредоточения десантных войск заставили перенести сроки начала десантной операции на 15 августа, а затем на 1 сентября. Таким образом, наше командование выиграло время для вывода судов из Азовского в Черное море, связанного с прорывом через Керченский пролив. Вывод судов протекал в исключительно тяжелых условиях. Керченский пролив был сильно минирован, простреливался артиллерией противника, подвергался воздействию авиации. С 3 по 29 августа из 217 судов, направленных в Черное море, 144 успешно прорвались через пролив, 73 погибли от авиации, артиллерийского и минометного огня противника. Кроме того, 14 кораблей были взорваны в азовских базах из-за невозможности вывести их в море. Вывод кораблей и судов из Азовского моря увеличил транспортные средства на Черном море, облегчил эвакуацию материальных ценностей и переброску сил с Таманского полуострова для обороны Новороссийска. Но отсутствие кораблей флотилии на Азовском море и ослабление частей противодесантной обороны позволили врагу решиться на форсирование Керченского пролива. В ночь на 2 сентября войска 46-й немецкой пехотной и 3-й румынской горной дивизий 11-й немецкой армии начали форсирование Керченского пролива. Высадка производилась в районе мыс Ахиллеон, Кучугуры и на косу Тузла, в момент когда часть сил Керченской военно-морской базы уже была передислоцирована под Новороссийск. Высадке противодействовали береговая артиллерия, подразделения морской пехоты и авиация флота. Вышедшие из Новороссийска в южную часть Керченского пролива торпедные катера не нашли десантные суда, так как враг действовал в северной части пролива.
Защитники Таманского полуострова оказывали упорное сопротивление противнику, проявляя чудеса героизма, самоотверженности и отваги. На северном боевом участке береговая артиллерия вела тяжелый бой с наседавшим врагом. Израсходовав боезапас, моряки взорвали орудия и отошли в район, намеченный для эвакуации. Стойко оборонялись морские пехотинцы восточного участка. Исчерпав все боевые возможности, они отошли в район озера Соленое, где был создан последний рубеж для прикрытия переброски морем защитников Таманского полуострова под Новороссийск. Руководство эвакуацией частей Керченской военно-морской базы было возложено на контр-адмирала С. Г. Горшкова. Морская часть штаба Новороссийского оборонительного района, организовавшая перевозки войск, использовала для этих целей сейнеры, торпедные и сторожевые катера, тральщики и сторожевой корабль. Последним покинул Таманский полуостров 305-й батальон морской пехоты, прикрывавший эвакуацию. Всего со 2 по 5 сентября в Новороссийск и Геленджик было вывезено 5516 человек с личным оружием и боеприпасами и 544 человека Анапского укрепленного сектора. Из эвакуированного личного состава было сформировано четыре батальона морской пехоты, которые сразу же включились в боевые порядки защитников Новороссийска. К 1 сентября под Новороссийском наименее защищенными оказались подступы к городу с запада. Это объяснялось тем, что недостаточное количество войск в 47-й армии не позволяло заблаговременно занять подготовленные позиции на внутреннем оборонительном обводе. Кроме того, отсутствие резервов не давало возможности командованию армии проводить контратаки, и части армии с боями отходили в горный район северо-восточнее Новороссийска. В связи с выходом немецко-фашистских войск к внешнему обводу Новороссийского оборонительного района командующий фронтом приказал главные силы 47-й армии сосредоточить на направлениях Неберджаевской и Верхне-Баканского. Из резерва фронта в 47-ю армию передавалась 318-я стрелковая дивизия под командованием полковника В. А. Вруцкого.