В 1855 г., когда возникла угроза захвата Николаева и в городе было объявлено осадное положение, вместо переправы через Бугский лиман на том же месте был сооружён наплавной мост из бревен, примыкавший к каменной дамбе. Мост длиной около 900 м получил название Бугский или Спасский, но в XIX веке был переименован в Варваровский – по селу Варваровка на правом берегу лимана, куда он вел. Мост просуществовал до Второй мировой войны, после которой был восстановлен в прежнем виде.
Чтобы предупредить возможное вторжение в Николаев вражеских кораблей и войск, на подступах к городу силами солдат и мирного населения возводились укрепления, было установлено 160 пушек. Когда русскими войсками был оставлен Севастополь, вражеские корабли сделали несколько неудачных попыток прорваться в Николаев.
Подписанный после Крымской войны Парижский мирный договор запрещал всем черноморским державам иметь на Черном море военные флоты, арсеналы и крепости. Изначально представитель Англии лорд Кларендон пытался принудить Россию разрушить морские верфи в Николаеве, но без успеха. С формальной точки зрения Николаев не подходил к понятию порта, лежащего на Черном море, поскольку расположен на Южном Буге.
После Крымской войны министр иностранных дел Александр Горчаков внушил Александру II идею, что добиться уничтожения статей Парижского мира 1856 года можно, лишь уговорив западные державы. Горчаков сотнями строчил ноты и циркуляры, несмотря на совет «железного» канцлера Бисмарка: «Не суетись, а строй броненосцы в Николаеве, но потихоньку».
Усилиями Горчакова военное судостроение в Николаеве было сведено к минимуму. С самого основания города он был закрыт для иностранных судов. Но теперь, дабы предотвратить экономическую катастрофу города, в 1862 г. в Николаеве был открыт коммерческий порт. А 13 декабря 1885 г. в Николаеве основали торговую биржу. В 1893 г. экспорт зерна из Николаева составил 88 млн пудов (1408 тыс. тонн).
В конце XIX века Николаев по объему зарубежной торговли занял 3-е место в империи после Петербурга и Одессы и первое место по экспорту зерна. В 1901 г. в Николаев пришли 303 парохода, из них британских – 143, греческих – 55, итальянских – 34, австрийских – 40 и германских – 31.
В конце концов моряки вытребовали себе пару броненосцев для Черного моря. Однако наш «бумажный» канцлер запретил строить мореходные броненосцы, а только «броненосные плавучие батареи». И тут подсуетился вице-адмирал А.А. Попов и предложил строить круглые броненосцы, которые моряки окрестили «поповками».
Однако Николаевское адмиралтейство оказалось неподготовленным к постройке даже малых броненосцев. Первую «поповку» «Новгород» построили в Петербурге и в разобранном виде доставили по железной дороге в Николаев, где ее собрали и достроили. Николаевский завод срочно дооборудовали, и вторую «поповку» «Вице-адмирал Попов» полностью построили на Николаевской верфи.
Со временем казенные верфи совершенствовались, и к 1910 г. на них было построено 28 военных кораблей общим водоизмещением 89 200 т с мощностью паровых машин 133 тыс. л. с. Лучшим из них был эскадренный броненосец «Святой Евстафий» водоизмещением 12 840 т, с силовой установкой мощностью 10 600 л. с. Броненосец был заложен в конце 1904 г. и вступил в строй в 1910 г.
В 1895 г. было создано «Бельгийское анонимное акционерное общество» с капиталом 7 млн рублей. К 1900 г. оно построило в Николаеве огромное предприятие – «Общество судостроительных, механических и литейных заводов» («Наваль»). Предприятие занимало территорию в 48 гектаров и имело судостроительную верфь и свои машиностроительный, вагоностроительный, мостостроительный, котельный, сталелитейный, чугуно-меднолитейный заводы и кузницу для тяжелых поковок.
К 1905 г. на предприятии насчитывалось 2000–2500 рабочих, из которых собственно судостроением занималось около 600 человек, хотя при наличии заказов можно было увеличить численность рабочих до 3000 человек. Первоначально на «Навале» строились портовые суда, буксиры, небольшие ледоколы, а с 1902 г. завод приступил к строительству эскадренных миноносцев.
Всего в первое десятилетие ХХ века на верфях «Наваль» было построено 10 эсминцев общим водоизмещением 4170 т с паровыми поршневыми машинами мощностью 53 500 л. с.
В 1911 г. предприятие «Наваль» было реорганизовано и попало под влияние французских банков. Надеясь получить крупные казенные заказы, общество «Наваль» срочно произвело реконструкцию предприятия. Так, были переоборудованы стапели для постройки новых линкоров и построены мастерские для изготовления судовых котлов и турбин. Реконструкция завершилась к маю 1913 г.
Председателем правления «Наваль» был избран крупный акционер, бывший товарищ (заместитель) морского министра вице-адмирал И.Ф. Бострем. Ему удалось, используя старые связи, получить в министерстве крупные заказы. В годы Первой мировой войны объем работ на «Навале» возрос настолько, что численность его рабочих пришлось увеличить до 14 тыс. человек.